Около 11 часов утра правое крыло христианского флота под командованием генуэзского адмирала Дориа, стремясь обойти фланг противника, ушло далеко вперед и оторвалось от центра, в то время как восемь галер сицилийского капитана Кардона, находившихся перед этим в разведке, слегка поотстали. Назревала опасность распыления сил. Обстановка осложнялась еще и тем, что левое крыло союзного флота только еще выходило из пролива, а резерв под командованием маркиза де Санта Крус сильно отстал от основных сил и подошел только к половине двенадцатого.
После общей молитвы дон Хуан Австрийский приказал расковать на союзных галерах всех гребцов-христиан («на галеры», как мы знаем, осуждали и преступников – единоверцев!) и вручить им оружие. Сам же он в это время на шлюпке, с поднятым крестом в одной руке и с обнаженной шпагой - в другой проходил вдоль линии кораблей «Священной Лиги», стремясь поднять моральный дух христианских команд обещанием отпущения грехов от имени римского Папы.
Главнокомандующего громкими кликами приветствовали христианские команды в составе 12 000 итальянцев, 5 000 испанцев, 3 000 немцев и 3 000 крестоносцев других национальностей. В те времена воины шли в бой, как на праздник. Можно представить себе, насколько величественным было зрелище ощетинившихся лесом копий боевых палуб сотен резных, ярко раскрашенных и раззолоченных плавучих крепостей, до блеска начищенных доспехов и оружия, вымпелов и парусов, испещренных радужным многоцветьем гербов и эмблем. На теплом южном ветру трепетали боевые стяги — алые с белым крестом Мальтийского Ордена, золотисто-багряные испанские, голубые венецианские с золотым крылатым львом Святого Марка, двуглавые имперские орлы Габсбургов, папские стяги с тиарой и ключами Святого Петра...
Христианские галеасы центра и левого крыла постепенно выходили вперед. Ветер стих, наступил штиль. Дон Хуан возвратился на флагманскую галеру и велел поднять сигнал «к бою». Сигналом для начала атаки христианского флота послужили воздвижение на носу флагманского корабля дона Хуана «Сфинкс» огромного распятия и орудийный выстрел. В ответ с магометанских кораблей донеслись удары в гонги, пение труб и обычные в подобных случаях у воинов ислама крики «Алла!» Турки и крестоносцы двинулись вперед навстречу друг другу.
Христианские галеасы первыми открыли огонь и вызвали сильное замешательство в центре турецкого боевого порядка. Али-паша на своем флагмане вырвался вперед, за ним устремились другие мусульманские галеры, а тяжелые турецкие галеасы отстали и не смогли принять участия во второй, решающей фазе сражения.
Почти последовательно возникли три основных очага борьбы. Боевая обстановка потребовала искусного маневрирования и взаимодействия всех частей боевых порядков.