Царь Алексей Михайлович был одним из лучших людей древней Руси. Он не только исполнял посты и церковные обряды, но обладал и глубоким религиозным чувством. Характера он был замечательно мягкого и «гораздо тихаго». Обидев кого в коротком гневе, он долго потом не мог успокоиться и искал примирения. Ближайшими советниками царя были в первые годы — его дядька Б. И. Морозов, в 50-х годах — патриарх Никон, в конце царствования — боярин А. С. Матвеев.
Непосильные для народа налоги, несправедливость приказных людей, отголоски старой смуты вызвали ряд народных бунтов в разных городах (Москва, Сольвычегодск, Устюг, Новгород, Псков, бунт Разина, Брюховецкого и др.) и в разное время. Добровольное присоединение Малороссии к Московскому государству привело к двум войнам России с Польшей. Эти тяжелые удары России удалось вынести только благодаря сосредоточенности власти, единству, правильности и непрерывности в распоряжениях. Из внутренних распоряжений при Алексее Михайловиче замечательны: Соборное уложение 1649 года и как его дополнение — Новоторговый устав и Новоуказные статьи о разбойных и убийственных делах и поместьях. Основаны новые центральные учреждения, а именно: приказы Тайных дел, Хлебный, Рейтарский, Счетных дел, Малороссийский, Монастырский. Тяглые классы окончательно прикреплены к месту жительства. В церкви была предпринята, патриархом Никоном необходимая реформа — исправление богослужебных книг, что вызвало, однако, раскол, т. е. отпадение от русской церкви. Прославились русские первопроходцы в Сибири: A. Булыгин, О. Степанов, Е. Хабаров и другие. Появились новые города: Нерчинск, Иркутск, Селенгинск. Лучшие люди в Москве уже тогда сознавали нужду в науке и преобразованиях. Таковы особенно бояре: А. Л. Ордын-Нащокин, А. С. Матвеев, князь B. В. Голицын.
У царя Алексея, от первого брака его с Марией Милославской, было два сына — Феодор и Иоанн и несколько дочерей; от вторичной женитьбы па Наталье Нарышкиной родился в 1672 году сын Петр. По смерти Алексея Михайловича на престол был возведен Феодор Алексеевич (1676–1682).