Новгород не сразу признал власть Владислава и категорически отказался пустить в крепость литовских людей. Семибоярщине пришлось направить туда польский отряд и Ивана Салтыкова с ратными людьми. Когда поляки подступили к Новгороду, новгородцы отбили их нападение, а Салтыкова посадили на кол.
Новгород открыто примкнул к освободительному движению. Его жители известили Ляпунова, что немедленно отправляют под Москву воевод с воинскими людьми и артиллерией. Но им не суждено было осуществить свои планы из-за шведского вмешательства.
Избрание на царский трон польского претендента повлекло за собой крушение русско-шведского союза, направленного против Речи Посполитой. Шведский король Карл IX спешил использовать ослабление России. Он засыпал дружескими письмами вождей земского ополчения и новгородцев и одновременно секретной инструкцией предписал Делагарди без промедления нанести удар по Новгороду и занять его.
Обращения шведского короля внушили большие надежды Ляпунову. Он просил новгородцев как можно скорее договориться с Делагарди об отправке в Москву шведского вспомогательного войска.
В марте король Карл IX обратился к новгородцам с универсалом, обещая им союз и помощь против польско-литовских войск.
Подталкиваемые с двух сторон — из Москвы и Стокгольма, — новгородцы в конце апреля прислали в шведский лагерь послов «с полной формулой соглашения». Послы добивались подтверждения союзного договора между Россией и Швецией и возобновления совместных военных действий против Речи Посполитой.
Ляпунов не получил своевременной и точной информации о действиях шведов и не оценил угрозы, таившейся в их вторжении. Земский совет повторил ошибку Василия Шуйского. Уповая на то, что шведы помогут освободить Москву, вожди ополчения проявили готовность пойти на территориальные жертвы, чем оттолкнули от себя новгородцев. Посол Василий Бутурлин намекнул шведам, что и московские чины, и новгородцы согласятся принять на царский трон шведского принца, если «Карл IX сохранит им православную веру». Слова насчет принца должны были ускорить оказание военной помощи ополчению. Швеция немедленно отрядила гонцов под Москву. Вопрос о шведской кандидатуре на трон был передан на обсуждение Земского собора.
Медоточивые заявления короля произвели на членов собора благоприятное впечатление. Однако многие из присутствующих решительно восстали против шведского проекта. Они резонно указывали на то, что слова шведского короля решительно расходятся с его делами, и высказывались против любых переговоров насчет шведского королевича. Ляпунов все еще надеялся на шведскую военную помощь и поэтому настоял на принятии осторожного решения. Соборные чины решили послать в Швецию послов для переговоров об избрании шведского королевича. Перед тем как разойтись, они скрепили подписями соборный приговор.
Делагарди тешил новгородцев разговорами о близком слиянии Швеции и России в неразрывный союз. Тем временем солдаты завершили последние приготовления к штурму. На рассвете 16 июля они ворвались в Новгород и учинили там кровавую резню.
Шведы овладели внешними крепостными стенами города на Софийской стороне. Но Новгородский кремль оставался в руках воевод. Замок обладал несравненно более мощной системой укреплений, нежели внешний город. Однако новгородская цитадель оказалась абсолютно не подготовленной к осаде. Шведы были буквально ошеломлены, когда несколько позже они обшарили весь кремль и не нашли там даже малых запасов провианта и пороха.
Русское командование не сомневалось в том, что врагу не удастся прорвать городские укрепления. Неоправданная самоуверенность сменилась паникой. Воевода князь Одоевский созвал военный совет в осажденном кремле. После боя много ратников отступило в кремль. Еще больше тут собралось мирных жителей, спасавшихся от врагов. Кормить их было нечем. Кремлевские житницы пустовали. Молчали крепостные орудия из-за того, что не было пороха.
Под влиянием панических настроений военный совет вынес решение о прекращении борьбы и призвании на «Новгородское государство» шведского принца. После многократных совещаний с митрополитом Исидором, дворянами и лучшими людьми главный воевода выслал к шведам своего представителя и объявил им о принятом новгородцами решении. Делагарди ввел в неприступную цитадель полк королевской лейб-гвардии.
За две недели до падения Новгорода туда прибыл гонец из-под Москвы. Он привез грамоту земского ополчения относительно продолжения переговоров со шведами и условий избрания на царство шведского принца. Новгородский митрополит Исидор и воеводы пытались использовать этот факт для оправдания своих действий. Они утверждали, будто подписали соглашение относительно избрания в цари шведского принца, следуя воле всей земли.
Приговор подмосковного Земского собора попал в руки к шведам, и они сделали его дословный перевод. «Все чины Московского государства, — значилось в этом переводе, — признали старшего сына короля Карла IX достойным избрания великим князем и государем Московской земли». Признание шведского принца достойным кандидатом в цари, конечно же, не было равнозначно его избранию.
Заключая соглашение с Делагарди, новгородские верхи взяли на себя инициативу и ответственность за провозглашение шведского претендента русским царем. Главный пункт новгородско-шведского договора гласил: «Митрополит Исидор и Священный собор, боярин князь Одоевский, воеводы, князья, бояре, купцы, крестьяне избрали шведского принца в цари и великие князья над Новгородским княжеством, а также над Владимирским и Московским, если последние пожелают присоединиться к Новгородскому княжеству». Образованное под эгидой безымянного шведского принца «Новгородское государство» фактически отделилось от России. Номинальным главой «государства» стал потомок удельных князей боярин князь Одоевский. Правители Новгородского княжества знали о близившейся решающей битве за освобождение Москвы. Но они и не подумали включить в договор со шведами пункт о посылке вспомогательного войска на помощь земским людям. Фактически Новгород порвал с земским освободительным движением.
Одоевский сдал кремль, не получив от шведов никаких гарантий территориальной целостности «Новгородского государства». Его правительство предало города, которые с оружием в руках продолжали борьбу с иноземными захватчиками.
Карлу IX не довелось насладиться плодами своего успеха. Он прожил три месяца после покорения Новгорода. Шведский трон перешел к его наследнику — семнадцатилетнему Густаву Адольфу. Сын продолжал политику отца в отношении России, неуклонно ведя дело к ее расчленению и закреплению за Швецией Новгорода и Пскова.