Младший брат великого боярина Михаила Юрьева Роман рано умер, выслужив чин окольничего. Но именно ему суждено было основать род бояр Романовых. В начале 1547 года Боярская дума занялась подготовкой общероссийских смотрин. Началась перепись дворянских девок невест, из которых одна должна была стать царской невестой. Юный Иван IV проявил нетерпение. До того, как невесты съехались в столицу, он выбрал в жены сироту Анастасию Романову. Братья царицы Данила и Никита Романовы стали боярами. Они поочередно возглавили один из главных приказов — Большой дворец (управление великокняжескими владениями).
Во время тяжелой болезни царя Ивана в марте 1553 года Захарьины готовились взять бразды правления в свои руки. Однако их честолюбивые замыслы натолкнулись на противодействие членов думы. Выражая их настроения, окольничий Федор Адашев заявил: «Ведает Бог да ты, государь: тебе, государю, и сыну твоему царевичу Дмитрию крест целуем, а Захарьиным нам Данилу з братиею не служивати; сын твой, государь наш, еще в пеленицах, а владети нами Захарьиным Данилу з братиею; а мы уж от бояр до твоего возрасту беды видели многия».
Захарьины готовились учредить регентство царицы Анастасии (наподобие регентства Елены Глинской) с тем, чтобы самим управлять государством. Однако высшая знать вовсе не собиралась уступать власть царице и ее родне.
В думе будто бы произошел мятеж. Больной царь обвинил бояр в том, что они хотят свергнуть династию. Видя растерянность Захарьиных, он предупредил их, что враги трона умертвят их первыми.
Боярская дума всеми силами противилась регентству Анастасии Романовой. Князь Семен Ростовский жаловался литовскому послу, что «их всех (великородных бояр) государь не жалует, великих родов бесчестит, а приближает к себе молодых людей, а нас (бояр) ими теснит, да и тем нас истеснил, что женился у боярина у своего (Захарьина) дочер взял, понял рабу свою и нам как служити своей сестре?» Слова Ростовского точно характеризовали отношение княжеской знати к худородным в их глазах Захарьиным.
Правитель Алексей Адашев враждовал с Захарьиными. Когда царица Анастасия умерла, ее братья добились осуждения Адашева. По случаю заключения второго брака Иван IV составил новое завещание, в соответствии с которым в случае его кончины власть передавалась регентскому совету. В его состав входили пять бояр, из которых трое принадлежали к роду Захарьиных, а четвертый был их родня Колычев.
Попытка царя править, опираясь на ближайшую родню, отстранив авторитетных руководителей Боярской думы (Александра Горбатого-Суздальского, Дмитрия Курлятева-Оболенского), породила глубокий кризис.
На пороге опричнины Иван IV обвинил своего дворецкого — Никиту Романова и некоторых других вождей земщины в том, что они противятся его воле: он только соберется казнить своих изменников-бояр, как они тотчас заступаются за них.
На протяжении всех семи лет кровавого террора Никита Романов неизменно заступался за гонимых и. опальных, благодаря чему завоевал редкую популярность.
Перед смертью Грозный ввел шурина Никиту Романовича в состав опекунского совета, который должен был управлять государством за слабоумного царя Федора Ивановича. Совет вскоре же распался из-за столкновения между бывшими опричниками и земским руководством. Титулованная знать выражала полное пренебрежение к слабоумному царю. Ближайшая родня монарха — Захарьины и Годуновы должны были объединиться, чтобы сохранить трон за недееспособным самодержцем.
Смертельно заболев, правитель Никита Романов заключил «завещательный» союз не с земскими удельными князьями, а с царским шурином Борисом Годуновым. Его попечению Романов вверил своих молодых сыновей. В апреле 1586 года Никита умер.
Союз между Романовыми и Годуновым продержался в течение десятилетия. Старший сын Никиты Романова Федор еще при жизни отца получил боярский чин, а его брат Александр был пожалован в кравчие.
В соответствии с традицией высший думный чин могли получить лишь люди почтенного возраста. Поскольку Ф. Н. Романов попал в думу, будучи молодым человеком, он не сразу вошел в число начальных бояр. В списке бояр царя Федора 1588–1589 годов он числился одиннадцатым. В то время он уступал «местами» Мстиславскому, Трубецким, Годуновым, Скопину-Шуйскому. Однако в самом конце 1589 года, во время похода на Нарву, Федор Романов получил высокий пост второго дворового воеводы. Спустя три года в дипломатических документах Федор Никитич уже фигурировал как один из главных руководителей ближней думы. В 1593 году грамоты к Польской Раде подписали трое ближних бояр — Федор Мстиславский, Борис Годунов и Федор Романов.