После падения империи Цзинь Монголия, видимо, забыла о прошлых договоренностях и не упоминала о возврате южной части Хуанхэ империи Сун. Когда армия Сун явилась, чтобы взять территорию в свое ведение, монголы, переиначив все на свой лад, заявили, что территории южнее Чэньчжоу (в наст. вр. уезд Хуайян в провинции Хэнань) и Цайчжоу принадлежат Сун. Однако Чэньчжоу и Цайчжоу находились далеко от реки, это явное невыполнение обещанного. Командующий армией Сун вскипел от гнева от их заявления. Через несколько дней по слухам монгольская армия начала отступать, гражданские и военные чиновники подняли шум, сказав, что нужно вернуть три столицы (западная столица — Лоян, восточная столица — Бяньцзин, южная столица — Шанцю, которые располагались на берегу реки Хуанхэ). Командующие армией Чжао Фань и Чжао Куй хотели отличиться, поэтому сообщили: «Монголы отступают, значит провинция Хэнань свободна, давайте прорвемся на север и вернем столицы, а затем удержим Хуанхэ, это хорошая возможность! Мы возглавим наступление». Чжао Фань и Чжао Куй — сыновья известного генерала Чжао Фана, также добились больших успехов в сражениях. Услышав их заявление, Сун Ли-цзун и первый министр Чжэн Цинчжи посчитали, что готовы к наступлению, поэтому Чжао Куя назначили командующим армией, а на Чжао Фаня была возложена обязанность принимать решения в тылу и отправлять войска на север.
Армия Сун начала успешно продвигаться, заняв Шанцю и Бяньцзин, затем армия направилась в Лоян. Как только монголы покинули Лоян, Сун был предоставлен свободный город. Все были рады этому, но, как невзначай, монгольская армия вернулась, окружив и заманив их в ловушку. К армии Сун прибыло подкрепление, и монголы потерпели поражение. Но в город перестал поступать провиант, поэтому армии Сун только и оставалось отступать. Тут монголы вновь контратаковали, и меньше чем через два месяца армия Сун уныло вернулась с поражением, а слова о возвращении трех столиц оказались пустым трепом. Сун Ли-цзун так разозлился, что отстранил Чжао Куня от должности и всех его подчиненных офицеров. На самом деле, он и не сильно задумывался о том, что, уничтожив империю Цзинь, монгольская армия была полна сил, с чего бы им отдавать столицы Сун?
Узнав об этом, Угэдэй отправил своих послов в Линьань спросить у Сун Ли-цзуна: «Бяньцзин и Лоян — нами завоеванная территория, с какой стати Вы ее хотите занять?». Сун Ли-цзун подумал про себя, разве это не было договоренностью? Но он не осмелился произнести и слова про это и послал извиниться перед Угэдэем. Угэдэй решил уничтожить Сун. Спустя несколько лет он послал для борьбы с Сун огромное войско, которое наступало в трех направлениях. Войском руководили его сыновья — Годан, Кучу, а также военачальник Ачжу. Вероятность поражения Сун была огромна, но оттеснив их к берегу реки Янцзы, монголы отступили, битва завершилась. С этого момента они то сражались, то нет, и так продлилось больше сорока лет.
Угэдэй пробыл великим ханом двенадцать лет и вскоре умер от болезни. Власть перешла его сыну Гуюку, но тот умер, пробыв ханом меньше двух лет. Четвертым великим ханом стал старший сын Толуя — Мунке. Мунке полагал, что самым важным было не завоевание империи Сун, а забота о делах на границах к югу от пустынь, где проживали ханьцы. Нужно было убедить их не устраивать беспорядки. Лучше всех знал землю ханьцев Хубилай — четвертый сын Толуя и брат Мунке, поэтому он взялся за это дело.
В молодости Хубилаю нравилось жить с ханьцами, он заводил знакомства с местными учеными людьми, просил их почитать ему лекции. В Яньцзине (в наст. вр. г. Пекин) жил буддистский монах Хай Юнь, который посвящал его в буддизм. Он попросил Хай Юня рассказать об управлении страной и тот ему поведал: «Я могу говорить лишь о буддизме, чтобы узнать про правление страной, ее подъемы и падения. Вам следует разыскать конфуцианского ученого». Так Хай Юнь познакомил его с молодым монахом по имени Цзы Цун. Настоящей фамилией Цзы Цуна была Лю, раньше он был чиновником, но потом покинул родной дом. Он был очень начитанным, особенно разбирался в книге перемен «И цзин», имел свое представление о политике. Хубилай обрадовался такому человеку, поэтому тут же оставил его у себя, чтобы в любое время обращаться за советом. Также был человек по имени Чжао Би, он разбирался в конфуцианстве, а также говорил по-монгольски. Хубилай попросил его поведать его младшим родственникам об учении Конфуция и Мэнцзы. Цы Цун и Чжао Би рекомендовали своих друзей Яо Шу, Хао Цзина, Ян Вэйчжуна и Ван Вентуна. У каждого из них была своя сильная сторона. Так Хубилай завел круг своих помощников.
Мунке попросил Хубилая руководить ханьцами. Он, обрадовавшись этому, захотел завоевать авторитет. Цзы Цун, поняв его идею, сказал: «Порядок в стране зависит от воли Неба, но еще больше зависит от людских усилий. С древних времен в наших силах в миг захватить весь мир, но не в наших силах всем сразу управлять. Вам стоит следовать примеру Чжоу-гуна тех лет и разработать способ создания государства». Хубилай был очень умен, поэтому услышав это, сразу же понял, что Цзы Цун критикует беспорядочные убийства и грабежи. Он ответил монаху: «В этих словах есть мудрость, есть ли решение этого?». Цзы Цун сказал: «Решение есть, надо последовать примерам мудрых правителей Хань Вэнь-ди, Хань Гуанъу-ди, Тан Тай-цзу». Он на одном дыхании многое рассказал: о ведение императорских дел, составление законов, назначение чиновников, отмене наказаний, регулировании налогов, поощрении сельского хозяйства, строительстве складов, призыве на службу достойных людей, свободе высказываний и так далее. Хубилай был в изумлении от услышанного и произнес: «Я давно слышал, что, когда Тан Тай-цзун был императором, он нанимал известных ученых для изучения стратегии управление государством, после чего смог объединить страну. Он — тот, кем я больше всего восхищаюсь». Он понял, что Цзы Цун дал ему направление, которое заключается в использовании ханьского способа правления, которое приводит в стабильность, завоевывает доверие населения и делает его великим императором.
Столица Монголии находилась в Хэлине на севере пустыни. Хубилай хотел закрепиться на юге пустыни, поэтому попросил Цзы Цуна построить еще один город ближе к равнине. Цзы Цуну приглянулось место на северном берегу реки Луаньхэ, под его руководством за несколько лет был построен город Кайпин (в наст. вр. Чжэнлань-ци во Внутренней Монголии). Хубилай считал его своей столицей. Он часто жил в нем, а его помощники занимались созданием системы, размещением бродяг, осваиванием целины, строительством водных систем и открытием школ в центральной части страны. Все обретало черты. Не прошло и несколько лет, как положение ханьцев стало гораздо стабильнее, а их производство развилось. Хубилай пользовался все большей репутацией.
Цзы Цун сказал Хубилаю: «Можно в миг захватить весь мир, но невозможно сразу всем управлять»
Неожиданно у некоторых возникли подозрения. Они тайно донесли до Мунке: «Твой брат больше известен среди ханьце, чем ты. Рано или поздно он присвоит себе центральную часть, и ты не сможешь противостоять ему!». Мунке также боялся, что Хубилай захватит центральную часть, поэтому отправил людей, чтобы те проверили финансовое состояние и налоги. Проверяющие насчитали более ста преступлений, которые были совершены подчиненными Хубилая. Узнав, что это нападки на него, Хубилай разозлился. Яо Шу уговаривал его: «Великий хан — это монарх, старший брат, а Вы подданный, младший брат. Вы не можете с ним спорить, лучше уступите, иначе пропадете». Хубилай спросил: «Что же мне теперь делать?». Яо Шу ответил ему: «Скорее отправляйте семью в Хэлинь и Великий хан ничего не заподозрит». Хубилай согласился с этой идеей, и вскоре отправил жен и детей назад в Хэлинь, сказав им, что хочет там остаться надолго. Через несколько дней в Хэлинь прибыл и сам Хубилай. Увидев старшего брата, оба не смогли сдержать слез. Хубилай сказал: «Я специально прибыл сюда, чтобы доложить Великому хану о делах с ханьцами, попросить Вас дать мне указания». Мунке, торопливо махнув рукой, ответил: «Ничего не говори, брат, разве я тебе не верю?».
Затем Мунке провел собрание со свитой и сказал всем: «Небо милостиво, наши предки добились великих достижений и завоевали отличную репутацию. Мне тоже нужно учиться у них. И в этот раз я лично поведу войско и уничтожу Сун!». Он приказал седьмому из братьев Ариг-Буге остаться в Хэлине, а сам собирался повести войско на Сычуань с запада, а затем отправиться на восток вдоль Янцзы. Хубилая послали возглавить войско, чтобы атаковать Эчжоу с востока. Другое войско должно идти с Юньнани (ранее армия монголов уже уничтожила царство Дали) на север. После соединения трех войск они вместе пойдут осаждать Линьань.
В 1258 году Хубилай повел свое войско к северному берегу Янцзы к месту напротив города Эчжоу. Он планировал пересечь реку для сражения, когда будет полностью готов. Неожиданно, сразу после празднования Нового года из Сычуаня явился посланник от его младшего брата Бучека. Посланник немедленно сообщил: «Беда случилась, Великий хан погиб!». Хубилай удивленно спросил: «В чем дело? Скорее объясните». Оказалось, что Мунке повел войска на Сычуань и одерживал победу за победой, но в сражении при Дяоюй в Хэчжоу (в наст. вр. северо-запад Чунцина) его армия была разгромлена из Сунских катапульт, и Мунке погиб той же ночью. Монгольская армия потерпела крупное поражение. Мунке попросил Хубилая немедленно отступать на север, чтобы избежать поражения. Хубилай подумал про себя: «С какими усилиями я добрался до северного берега, будет жаль возвращаться так. Если захвачу Эчжоу, смогу побороться за титул хана при возвращении». Он сделал вид, что все нормально, и приказал своим людям пересечь реку и осадить Эчжоу.
В это же время его жена Баягуджин послала письмо, в котором говорилось, что охранявший Хэлин Ариг-Буга решил стать великим ханом, и послал войска, чтобы преградить его обратный путь в Хэлинь. Она просила его скорее принять решение. Хубилай разозлился и созвал совет для обсуждения. Хао Цзин сказал: «Ваше величество, никто не сможет с Вами сравниться, у Вас сильная армия, и воля Неба с Вами. Если Ваш младший брат заявит, что у Великого хана было завещание о передаче ему престола, какие у Вас шансы?». Хубилай сказал: «Я хочу стать ханом, но у меня должно быть обоснование, иначе люди меня не признают». Хао Цзин ответил: «Если немедленно встретить похоронную повозку Великого хана и получить императорскую печать, тогда у Вас будет обоснование». Остальные согласились, что идея хорошая. Уйгур Лянь Сисянь добавил: «Получив печать, поторопитесь отозвать войска, раньше составим план, и дело в шляпе». Хубилай сжал кулак и сказал: «Ладно! Также это должно быть одобрено всеми императорскими военачальниками. Быстрее! Лянь Сисянь, ты начнешь за меня, вернешься в Кайпин, чтобы выяснить настроение народа, а позже я прибуду туда».
После того как Лянь Сисянь ушел, Хубилай сперва послал забрать повозку Мунке из Сычуаня, затем он получил императорскую печать и отправил посланника, чтобы тот сообщил армии Сун о перемирии. После того как армия отступила от северного берега реки, он заявил, что лично поведет войско осаждать Линьань. Он тайно приготовил транспорт и рысаков, чтобы вывезти своих родственников из главного лагеря. Не прошло и нескольких дней, как кони под треском плетей вернулись в Кайпин. Прибывший первым Лянь Сисянь срочно явился доложить: «Послушайте, успех неизбежен!». У Хубилая отлегло от сердца.
Весной 1260 года Хубилай провел выборы хана в Кайпине. Прибыли поддерживающие его князья, старшее поколение и ровесники. Он без помех был выбран на должность великого хана. Хубилай прислушался к совету Цзы Цуна и согласно правилам ханьских царств огласил девиз своего правления «Чжунтун». Он издал указ и объявил: «Мы все одно государство. Наша династия наследует правила былых мудрецов. Согласно системе прошлых династий, устанавливается династия Юань и начинается ее летоисчисление, и так продолжится в дальнейшем». Потом он назначил чиновников по правилам ханьских царств.
Весть о становлении Хубилая великим ханом быстро дошла до Ариг-Буга. Согласно старому методу выборы великого хана должны проходить рядом с северными пустынями Хэлиня и в них должны участвовать представители различных ханств. Хубилай нарушил это правило и Ариг-Буга не признал его, сказав: «Если он может стать ханом, значит и я могу!». На собрании в Хэлине он объявил себя великим ханом. Таким образом, и в Кайпине, и в Хэлине было по великому хану, и никто не уступал друг другу. Что же оставалось делать? Можно было лишь в сражении выяснить, за кем победа, а за кем поражение. Ариг-Буга всегда был домашним человеком и никогда не принимал участия в больших сражениях. После начала войны он оказался в невыгодном положении. Когда Хубилай увидел, что есть шанс, лично отравился на битву в Хэлинь. Ариг-Буга знал, что не сможет сражаться, поэтому бежал к реке Енисей, чтобы спрятаться. Хубилай занял Хэлин, оставив там людей для охраны, а сам вернулся в Кайпин. Он не ожидал, что, когда он покинул город, Ариг-Буга тут же привел людей, чтобы разрешить дело силой. Так они сражались в течение четырех лет. За это время подданные увидели, что Ариг-Буга не обладает способностями, и, оценив силу Хубилая, многие встали на его сторону. В итоге, Ариг-Буга остался совсем один, поэтому ему только оставалось капитулировать и признать свое поражение перед Хубилаем.
Хубилай, увидев его, спросил: «После стольких лет войны, кто же оказался прав: ты или я?». Ариг-Буга, опустив глава, ответил: «Раньше я был прав, а ты нет, но теперь я проиграл, поэтому прав ты!». Было очевидно, что он все еще недоволен. Хубулай, помня о братской связи, ничего не сделал Ариг-Буге, но казнил тех, кто поддерживал его. Хубилай снова приказал разослать письма в несколько западных ханств, чтобы донести им весть о сложившийся ситуации. Некоторые ханства признали нового великого хана, некоторые просто промолчали. Через несколько лет Ариг-Буга умер от болезни, и его сторонники потеряли всякую надежду.
В эти времена у Хубилая не было соперников. Он пожелал заняться большим делом — названием государства. Цзы Цун написал хану: «В „Книге перемен“ упоминается Цянь Юань, звучит величественно! Назовем наше государство Великой империей Юань!». Хубилаю понравилось название и в 1271 году он издал высочайший указ об учреждении правления династии Юань, ее родоначальником был он сам. Несколько лет назад он сменил название царствования на Чжи Юань, которое в дальнейшем использовали при династии. Предыдущие великие ханы Тэмуджин, Угэдэй, Гуюк, Мунке получили следующие храмовые имена: Юань Тай-цзу, Юань Тай-цзун, Юань Дин-цзун, Юань Сян-цзун.
С названием страны определились, а где же ее столица? Хэлинь далеко на севере, добираться неудобно, а Кайпин слишком мал. Членам династии Юань приглянулся Яньцзин, поэтому Цзы Цуну приказали отправиться туда, чтобы руководить строительством дворца. Изначально Цзы Цун руководил строительством Кайпин. И как-то случайно кто-то сказал хану: «У монаха Цзы Цуна слишком много заслуг в масштабном строительстве для страны, его должны сделать чиновником при дворе». Хубилай приказал Цзы Цуну отказаться от монашеского обета, вернуть фамилию Лю и принять имя Бинчжун, участвовать в национальных мероприятиях, а также отвечать за строительство новой столицы. Прибыв в Яньцзин, Лю Бинчжун осмотрел местность, в качестве центра он выбрал пруд Тайечи на острове Цюнхуа и спроектировал новый город. Город построили и назвали Даду. Затем родоначальники династии Юань объявили Даду — государственной столицей, а городу Кайпин дали статус «верхней столицы» — Шанду.
После основания новой династии Юань помнила, что Сун все еще продолжала существовать на юге, поэтому Юань готовились наступить на юг, чтобы уничтожить Сун и объединить страну. К этому времени в Южной Сун не было ни порядка, ни системы, и, очевидно, ее было не возродить.