Несмотря на юный возраст, у Юань Хуэй-цзуна было много планов. В первые несколько лет правления он с большим уважением относился к вдове императора, приглашал ее решать политические дела. Сын Юань Вэнь-цзуна Эль-Тэмур тоже стал наследником престола (наследным братом-принцем). Юань Хуэй-цзун прекрасно знал причину смерти своего отца и Будашири, но держал все в тайне. Он хотел в первую очередь успокоить императорский двор.
В то время все государственные дела находись в беспорядке. У власти в императорском дворе был военачальник Баян (не тот Баян, который был в начале династии Юань). С ним шутки были плохи. Когда Юань У-цзун был у власти, он стал высокопоставленным чиновником. Какой бы император не выходил на престол, он быстро подстраивался и прочно занимал должность вплоть до девятого поколения Юань. После смерти Эль-Тэмура, его политическая мощь возросла. Он занимал более десятки должностей, и ничего не делалось без его согласия. Тот, кто хотел повышение чина, должен был дать взятку, цена которой обсуждалась в зависимости от желаемого положения. Большая часть подношений и дани уходила ему. Каждый раз, когда Баян отправлялся из двора, его окружение занимало половину улицы во время сопровождения. Юань Хуэй-цзун был неопытен, когда взошел на трон, поэтому полагался на него.
Баян был недоволен, что ханьские чиновники высказывают свое мнение, поэтому сказал Юань Хуэй-цзуну: «Родится у тебя сын, ни в коем случае не давай ему читать ханьские книги. Ханьцы хвастаются своей начитанностью и не уважают других. Есть еще императорский экзамен, который сдают только ханьцы, поэтому лучше его отменить. В будущем лучше назначать монголов и людей других национальностей на важные чиновничьи места». Император приказал остановить государственные экзамены и запретил ханьцам изучать монгольский язык. Баян вновь посоветовал Юань Хуэй-цзуну: «В последнее время происходят восстания и среди них много ханьцев. Мне кажется, если мы вырежем всех ханьцев с фамилиями Чжан, Ван, Ли, Чжао, Лю, в нашей стране будет спокойнее». Юань Хуэй-цзун был ошарашен услышанным и воскликнул: «Так это сколько людей придется убить! Это недопустимо». С того момента император больше не прислушивался к Баяну. Узнав о предложении Баяна, ханьские чиновники возненавидели его.
Баян также не воспринимал всерьез монгольских чиновников. Однажды, он без всяких оснований заявил, что высокопоставленный военачальник Чэчэту планирует организовать восстание, поэтому попросил Юань Хуэй-цзуна казнить его. Но император не согласился на это, поэтому Баян лично послал убить Чэчэту, а также понизил в должностях нескольких чиновников из его свиты. В результате монгольские чиновники тоже возненавидели его.
Племянник Баяна Тогто больше не мог смотреть на это, поэтому сказал своему отцу Маджияртаю: «Из-за поступков дяди рано или поздно произойдет несчастье. Если император разгневается, нас тоже постигнет плохая учесть. Мы должны поскорее остановить его». Маджияртай ответил: «Согласен. Нужно поторопиться и отделиться от него». Тогто с детства обучался у ханьского наставника, был эрудирован и великодушен. Он считал, что исключение ханьцев из страны не приведет к ее процветанию. Поэтому он пошел к своему наставнику У Чжифану рассказать о своих планах. У Чжифан сказал ему: «С древних времен были примеры жертвования родственными отношениями ради великой цели, и эти примеры заслуживают уважения. Если ты думаешь о государстве, не надо думать о другом». Тогон в тайне встретился с Юань Хуэй-цзуном и сказал: «У власти Баяна нет границ. Я считаю, что нужно следовать правилам предков, и сотрудничать с ханьцами». Юань Хуэй-цзун разозлился из-за того, что Баян не признает его власти: «Баян даже не посоветовался со мной, просто убил и понизил в должности высокопоставленных чиновников, никто такое не стерпит». Из глаз его лились слезы, когда он говорил это. Они решили найти возможность избавиться от Баяна.
Однажды ранней весной 1340 года Баян вывел наследника Эль-Тэмура на охоту за город и сказал, что вернется через несколько дней. Тогто был наготове. Как только Баян ушел, он встретился с Юань Хуэй-цзуном и доложил ему: «Баян ушел, сейчас есть возможности чтото предпринять, не нужно колебаться». Император с этим согласился. Тогто со своими подчиненными Шицзебанем, Алу и другими закрыл ворота в Даду и забрал ключи себе. Ночью Юань Хуэй-цзун провел срочное совещание министров, на котором заявил, что снимает Баяна с должности и запрещает ему возвращаться в город. Затем он послал охрану забрать последнего наследника Эль-Тэмура и попросил передать указ для Баяна. В указе перечислялись его ошибки, и говорилось, что он должен отправиться в Хэнань на должность местного чиновника. Услышав это, Баян вскипел от гнева. На рассвете он послал человека в столицу попросить о встрече с императором.
Тогто сидел на городской башне в ожидании. Когда люди Баяна прибыли к городу, они устремили голову наверх и закричали: «Мы были посланы высокопоставленным чиновником Баяном, мы хотим встретиться с императором, откройте немедленно ворота!». Тогто тоже закричал: «Нет. Император дал указ прогнать Баяна. И не надо ему возвращаться. Все остальные невиновны, уходите!». Услышав это, подчиненные Баяна с криками уехали. Узнав от вернувшихся слуг о случившимся, Баян от злости захлебывался воздухом: «Оказывается, это все рук подлеца Тогто, в самом деле неожиданно!». Ему только и оставалось направиться в Хэнань. На полпути туда он получил приказ от императора в понижении его должности в город Янчунь провинции Линнань (в наст. вр. на юго-западе провинции Гуандун). Это же сколько дней туда добираться! Баян, сдерживая свой гнев, с трудом добрался до Цзянси и тут же на почтовой станции умер от болезни.
Тогто кричит: «Баян в город не зайдет, уходите!»
Прогнав Баяна, император Юань Хуэй-цзун назначил Мачжаэртая канцлером и взял под свой контроль армию. Только тогда он решил объявить причину смерти своего отца Мин-цзуна и приказал вынести ритуальную таблицу Юань Вэнь-цзуна из императорской молельни. Вдова императора Будашири была изгнана из императорского дворца и вскоре умерла. С принцем Эль-Тэмуром было легко разобраться: его лишили титула и отправили в Коре. Через некоторое время Мачжаэртай ушел на покой, и его сын Тогто стал канцлером. Император доверял Тогто, а Тогто хотел заниматься реформами. Император дал добро, и так объявили о проведении реформ. Тогда Юань Хуэй-цзуну было чуть за двадцать, а Тогто двадцать шесть-семь лет. Эти два энергичных молодых человека желали хорошо выполнить свои обязанности.
Тогто сразу же выдвинул указы для проведения реформы. Во-первых, в том же году возобновили экзамены кэцзюй, расширили набор в «Академию сынов государства», а число студентов монголов, ханьцев и других национальностей вместе превысило три тысячи человек. Во-вторых, учредили ученую палату и пригласили эрудированных учителей для обучения детей императорской семьи и знати, чтения «четырех книг и пяти канонов», изучения каллиграфии и игре на гуцине. В-третьих, записали историю династий Сун, Ляо, Цзинь под руководством Тогто. В-четвертых, возместили ущерб людям, которые пострадали из-за Баяна. В-пятых, создали шесть правил продвижения по службе и смещения должностных лиц: увеличение численности населения, увеличение освоенной целины, уменьшение судебных дел, низкая преступность, равномерное распределение налогов и труда, а также умелый расход запасов зерна. Если все правила выполнены — повышают, нет — понижают. В-шестых, снизили арендную плату для простого народа, налоги на производство соли, разрешили коневодство. Все шесть реформ были очень хороши, и очень скоро они принесли свои плоды. Все были рады и называли Тогто уникальным канцлером династии Юань.
Увидев, что Тогто всем сердцем старается, Юань Хуэй-цзун тоже воодушевился. Раньше он позволял министрам все, а сам гулял по дворцу и развлекался. Но все изменилось: он воспрянул духом, ходил на собрания, жертвоприношения, выезжал на проверки и прочее. Он каждый день ходил в ученую палату, чтобы обсудить со всеми государственные дела. В свободное время он учился и занимался посевами за городом. Чтобы его считали бережливым, он сократил количество евнухов и наложниц, упростил дворцовое меню, сократил забои овец с пяти до одной в день, сменил золотые шпоры на сапогах на медные. Если так будет продолжаться, Юань Хуэй-цзун вскоре догонит Юань Жэнь-цзуна и, возможно, династия Юань действительно будет процветать!
Но никто не знал, что хорошие времена продлятся недолго. Спустя немного времени в империи началась внутренняя борьба. Чиновники нападали друг на друга, сместить другого, чтобы занять его место — старые методы. В ходе этой борьбы Тогто потерял свой чин. Через несколько лет Юань Хуэй-цзун снова попросил Тогто стать канцлером, но ситуация в государстве была уже другая. С момента основания династии Юань в разных областях восстания не прекращались, но они никогда не перерастали в нечто большее. За последние несколько лет случилось множество стихийных бедствий, правительство еще больше стали взимать с людей, и у них не было средств на существование, оставалось только бунтовать. Юань Хуэй-цзун каждый день получал отчеты о восстаниях, из-за этого он не находил себе места. Как назло, в том году не прекращались ливни, река Хуанхэ разлилась и затопила районы Шаньдуна, Хэнаня, Хэбэя, Аньхоя, Цзянсу и многие другие территории. Люди по оба берега в спешке оставляли свои дома. Как раз в это время Тогто назначили канцлером во второй раз.
Он был очень обеспокоен, поэтому немедленно созвал всех, чтобы придумать, как справиться с наводнением. Чиновник, ответственный за охрану водных ресурсов, Цзя Лу являлся экспертом в этой области. Он сказал: «Я вижу два варианта. Первый — построить большую дамбу на северном берегу, чтобы блокировать наводнение, второй — заблокировать путь и отвести воду, засыпать с севера и перенаправить воду к югу к началу русла реки, чтобы она впала в море». Тогто спросил: «И какой вариант на твой взгляд лучше?». Цзя Лу ответил: «Первый вариант экономит трудозатраты и деньги, но не избавляет от первопричины. Второй вариант требует много труда и денег, но он самый эффективный. Я считаю, что нужно действовать так, иначе наводнения не прекратятся». Многие чиновники покачали головами, услышав его, и, перебивая друг друга, стали возражать: «Казна сейчас небогата, так что лучше сэкономить». Когда они закончили спорить, Тогто сказал: «Я тщательно посчитал, лучше выбрать второй вариант, необходимо устранить первопричину. Мы заблокируем реку с севера и направим ее на юг!».
В 1351 Цзя Лу стал главой речного управления. Он собрал более ста тысяч работников и солдат на месте строительства, которое продолжалось больше полугода. После его завершения, канал реки Хуанхэ в море был открыт и воды паводка ушли. Это благоустройство реки Хуанхэ было одним из самых крупнейших в истории, и оно действительно дало свой результат. Тогто воспрянул духом и хотел продолжить проводить реформы, начав с колонизации пустующих земель армией и решения проблемы нехватки продовольствия. Однако в том году на юге страны произошло восстание, которое охватило многие территории. Юань Хуэй-цзун торопил Тогто подавить его. Тогто решил лично участвовать в сражении и повел свои войска на юг. Но ему не повезло. Тогто был у власти в течении многих лет, наводил порядок и наказывал. Как только он покинул Даду, его политические враги при дворе сразу же воспользовались этим моментом.
Был чиновник по имени Хама, чья мать была няней Юань Нин-цзуна. Он был приближен к императору. Когда Тогто понизил его, он возненавидел его. Пока Тогто был в отъезде, к Хаму пришла идея и он решил поделиться с Юань Хуэй-цзуном: «Есть монах, пришедший с запада, он знает определенное искусство соития, которое доставляет огромное удовольствие, вам следует попробовать». Юань Хуэй-цзун спросил: «Что это за искусство? Пусть научит меня». У Тогто он получал полезные знания, но вредные получить легче, и он быстро пристрастился. Зять Хамы Тулу-Тэмур тоже поддержал его и порекомендовал буддистского монаха Цзя Линчжэня. Цзя Линьчжэнь спросил Юань Хуэй-цзуна: «Как долго может прожить человек? Используйте мой секретный метод, уверен, он Вам понравится». Когда Юань Хуэй-цзун попробовал метод монаха, он повеселел, стал распутным и приглашал женщин развлечься. Хама, Тулу-Тэмур и младший брат Юань Хуэй-цзуна Балан и еще десяток людей в компании целыми днями безобразничали и ничего не делали. Государственные дела и помощь в стихийных бедствиях сразу были забыты.
Хама боялся, что если Тогто узнает, то не пощадит его, поэтому решил сделать ему подлость. В то время Тогто уже разгромил армию Ли Эра в Сюйчжоу и сражался с Чжаном Шичэном в Гаою (в наст. вр. в центральной части провинции Цзянсу). Хама сказал Юунь Хуэй-цзуну: «Тогто дерется уже три месяца, но никаких результатов, а денег сколько потрачено! Так он еще против вашего наследника, даже в эти дела он лезет! Вам стоит обратить на это внимание». Юань Хуэй-цзун тут же вспомнил узурпатора Баяна и воскликнул: «Он хочет быть, как его дядя Баян, это недопустимо, я устраню его!». И сразу лишил Тогто должности. Но он забыл про одну деталь: все основные силы армии Юань были под руководством Тогто, а если нет главнокомандующего, то как вести борьбу? Тогто с войском штурмовал город Гаою и почти захватил его. Когда он внезапно получил приказ об отстранении от должности, он остолбенел. Подчиненные, услышав, что главнокомандующий отставлен от должности, закричали: «А канцлер снят с должности! Зачем нам воевать?». Пшик — и нет войска. Многие перебежали на сторону повстанцев. Повстанческая армия, которая была на грани поражения, одержала победу, и восстание разрослось.
Вскоре чиновник Хама побудил Юань Хуэй-цзуна выслать Тогто в Дали (в наст. вр. в западной части провинции Юньнань). Младший брат и сын Тогто были сосланы в Ганьсу и Сычуань, вся семья попала в немилость. Но Хама не остановился и послал подлить яда в вино Тогто, сказав, что это приказ императора. Со смертью Тогто ушла последняя опора династии Юань. Позже Юань Хуэй-цзун снял обвинения с Тогто, но династия Юань уже находилась на последнем издыхании. Министры говорили: «Если бы Тогто не умер, страна не была бы в таком беспорядке». На самом деле, смута в Поднебесной длилась уже не день и не два. Общее направление было определено. Даже если бы Тогто остался жив, династия Юань все равно бы распалась.