Московщина бачила хвилювання України й розуміла, що її влада не буде тривка, поки українці матимуть надію на піддержку в сусідніх держав. Тому в Москві постановили напружити всі сили і в остаточній оружній розправі вирішити довголітню боротьбу за українські землі. Літом 1660 р. московська армія під проводом воєводи Шереметєва рушила на поляків, а разом з нею йшли лівобічні козаки під проводом наказного гетьмана Цюцюри. Юрась Хмельниченко, з правобічними полками, зразу пильнував південньої границі від татар, потім пішов на підмогу Шереметєву, але поволі й неохотно. Поляки не дали йому получитися з москалями, а заскочили окремо Шереметєва під Чудновом на Волині, а Хмельниченка під Слободищем. Хмельниченко був примушений увійти в переговори з поляками і згодитися на мир, на основі гадяцької умови. Шереметєв піддався полякам під дуже некорисними умовами: мусів видати всю артилєрію і зброю, та зі старшиною залишитися у польській неволі. Козаків, що були при Шереметєві й не хотіли вертатися під польську владу, віддано у полон татарам. Це рішення зробило страшне вражіння на козаках; в ночі з 3 на 4 листопада 1660 р. понад тисячу козаків убило себе взаїмно, щоби не йти в ганебну неволю…
Загальний жах і обурення викликала мученича смерть полковника Данила Виговського; він попав у московський полон і везено його до Москви, але по дорозі коло Калуги серед мук його замордовано 10 грудня 1660 р. «Тіло в штуки від кнутів порізане; очі вилуплені й сріблом залиті; пальці поперерізувані, лидки у ніг в штуки по жилі розібрані, - взагалі нечувана жорстокість» - описував очевидець, що бачив тіло в Чигирині. «Данилова жінка сама як припала до тіла, так об домовину вдарилася, що голову собі страшно розтяла. Прибіг Хмельниченко ранком, а як побачив тіло, ревно заплакав. Великий з цеї причини розрух серед козаків, як глядять на таке жорстоке поведення». Також на Лівобережжі прийшов роздор серед козаків. «Сама тільки голота та дейнеки сприяють цареві».
Юрій Хмельниченко війшов у згоду з поляками в надії, що поведеться йому під своєю булавою зєдинити цілу Україну. Але лівобережні полки не хотіли признати злуки з Польщею і знову признали московську владу. Почалася братовбійча війна між правобічними та лівобічними полками, при співучасти поляків, татар та москалів. Під Бужином на Дніпрі 13 серпня 1661 р. Хмельницький розбив московське військо, - до 10 тисяч москалів лягло на місці, в руки переможців дісталася вся артилєрія й обози. Але рівночасно татари, що прийшли на підмогу козакам, кинулись по Придніпрянщині брати ясир. У Крим пішло до 200 тисяч людей! Це остаточно знищило і так невелике значіння Юрася. «Гетьман втратив довіря до війська, військо до гетьмана» - писав сучасник. Хмельниченко, хорий і знеохочений, 15 січня 1663 р. зрікся гетьманства і постригся в черці.