Капітуляція Дорошенка не припинила руїни Правоберіжжя. Турки пригадали собі Юрася Хмельниченка, звеліли царгородському патріярхові розстригти його з чернецтва й проголосивши його «князем Сарматії», післали з військом на Україну. Поселився Хмельниченко в опустілому Немирові та почав, універсалами, закликати нарід до себе. Стрепенулася Україна на гомін прізвища Богданового нащадка, спалахнуло Запоріжжя, злякалися москалі. Москалі й Самійлович кинулися укріпляти гетьманську столицю - Чигирин. Під командою наказного гетьмана Коровченка й німецьких старшин, змобілізовано в ньому поверх 30.000 залоги. Літом 1677 р. станув Хмельниченко, з турецькою допомогою, під Чигирином. Та його сили були за слабі проти чигиринських укріплень і чисельної, та гарно підготованої залоги. Колиж обложеним наспів з відсіччю Самійлович з Ромодановським, Хмельниченко мусів відступити з нічим.
Правда, Хмельниченко не дав за виграну. Через рік, літом 1678 р. зявився під Чигирином удруге. Самійлович сподівався цього і приготувався зарання до облоги. Московській залозі в Чигирині проводив воєвода Ржевський, фортечними справами завідував шотляндський генерал Гордон, козаками командував наказний гетьман Павло Животовський. За вдержання Чигирина правлено молебні по всій Україні, для цього пощено три дні в тижні, на удержання сердюцьких і компанійських полків призначено податок з горівчаного, тютюнового й дьохтевого монополю, словом справу Чигирина видвигнуто як питання державного престіжу Гетьманської України.
Тимчасом Москва не думала щиро про оборону Чигирина. Не переконавши Самійловича про те, що Чигирин слід виселити й зруйнувати, вона дала воєводі Ромодановському потайне доручення повести діло так, щоби Чигирин не вдержався…
Облога гетьманської столиці почалася в половині липня й тривала, з невгаваючою завзятістю, більше місяця. В половині серпня згинув воєвода Ржевський, а через тиждень генерал Гордон підмінував укріплення й з останками залоги пробився крізь ворожі лави до обозу Самійловича, що стояв оподалік Чигирина. Турки кинулися на Чигирин, але тут ждала їх кривава лазня. Запалені Гордоном льонти догоріли до мін; з пекельним гуком вилетів у повітря верхній замок, ховаючи під србою 4.000 турецьких трупів. Решту доруйнував турецький везир. Столиця Хмельницького й Дорошенка зникла з поверхні землі… Населення перегнано на лівий беріг Дніпра й поселено над р. Орелею. Туркам і Хмельниченкові залишилися скривавлені румовища й опустіле південне Правоберіжжя. Даремне плакала Україна по втраті Чигирина, даремне затискала пястуки й проклинала Ромодановського, взиваючи його турецьким запроданцем. Ромодановський виконав доручення Москви й не лякався народнього гніву.
Тимчасом «князь Сарматії» Хмельниченко, не вспівши сісти в батьковому Чигирині, почав організувати владу в Немирові. Приборкавши останки правобережного населення, пробував заволодіти Лівоберіжжям, для чого виправлявся на Переяславщину й Лубенщину, але безуспішно. Колиж Правоберіжжя почало наново заселюватися, Самійлович вислав свого сина Семена з військом на Правоберіжжя, що поруйнувавши мало не всі міста й більші села, перегнав населення на лівий беріг Дніпра. Опустіла південня Київщина, занепало й Поділля. Хмельниченко побачивши безвиглядність своїх заходів над зорганізуванням Правоберіжжя під своєю булавою, попав у глибоку душеву депресію. Стався жорстоким і нестерпним для окруження - кількох своїх старшин покарав, без вини, смертю, а коли почав відгрожуватися туркам, вони його вхопили, вивезли до Камянця й тут, осінню 1681 року стратили.
Так скінчив син великого Богдана, нещасний «князь Сарматії»… Смерть Хмельниченка наче припечатала зупинку в боротьбі посторонніх сил за Правобережну Україну. Польсько-турецький мир, заключений в Журавні, закріпив південне Правоберіжжя й Поділля за Туреччиною. Рівночасно помирилася з Польщею Москва, що за 200 тисяч рублів і частину Витебщини дістала від Польщі Київ; не забарилося й московське перемиря з Туреччиною та Кримом. В 1681 р. заключено в Бахчисараї двацятилітнє перемиря, протягом якого ніхто з договірників не смів заселювати земель поміж Богом і Дніпром… Та умови бахчисарайського перемиря були нічим проти життя. Найплодовитша територія, колиска історичного життя України, не могла шуміти безлюдною пусткою. По смерти Хмельниченка передали турки владу над Правоберіжжям молдавському господареві Іванові Дуці, що назначивши своїм наказним гетьманом Івана Драгинича, почав заселювати й організувати країну.
Подібно як Туреччина не респектувала статтей бахчисарайського перемиря, нехтувала пункти журавенського миру й Польща. Король Собіський, захоплений ідеями боротьби з музулманським світом, майже не припиняв польсько-турецької війни за Поділля. Витиснувши турків до Камянця, він зразу взявся до заселення Поділля й південньої Київщини, та зорганізування її на козацький лад. Гетьманом Правоберіжжя назначив Собіський Степана Куницького, що обрав собі столицею Немирів. Небаром закипіло на пустарях нове життя; Богуслав, Мошни, Корсунь та інші міста піднялися з румовищ. В 1683 р. ходив Куницький на південню Молдавію, але побитий татарами, покинув військо й утік до дому. За трусість покарали козаки Куницького смертю, а на його місце обрали запорожця Андрія Могилу, що далі заселював і організував Правоберіжжя, очищуючи його від турецьких залог.
Відновлена Собіським правобережна козаччина кріпшала з дня на день, а навіть, в славній протитурецькій компанії Собіського під Віднем відіграла помітну ролю. Між іншими вславився під Віднем український шляхтич з Самбірщини - Юрій Кульчицький.
В 1684 р. видав Собіський універсал про обнову козацької організації на Правоберіжжу, вслід за чим народ з усіх сторін повалив туди лавами. Самійлович мусів розставляти застави й силою стримувати своїх людей, щоб не пересолювалися сюди з лівого берега. Іскра в Корсуні, Самусь у Богуславі, Абазин на Побожжу, Семен Гурко Палій на Хвастівщині, організують козацькі полки, що обороняють землю перед шляхетським засиллям, а там (1688 р.) підіймають отверту боротьбу з Польщею й Московщиною, що в 1686 р. заключили т. зв. «вічний мир».