Федор Годунов, род. в 1589 г., взошел на трон 13.4.1605 г., умер 10.6.1605 г., похоронен в монастыре св. Варсонофия, при Василии Шуйском перезахоронен в Троице-Сергиевом монастыре. Отец — Борис Годунов (1552— 13.4.1605, царствовал в 1598–1605 гг.), мать — Мария Скуратова (умерла 10.6.1605 г.).
До некоторой степени сомнительно, можно ли вообще говорить о времени правления сына Годунова, родившегося в 1589 г. После смерти царя Бориса Годунова 13 апреля 1605 г. московские подданные незамедлительно присягнули на верность ему, несмотря на то, что положение империи и власти было напряженным, даже ненадежным. Армия, противостоявшая под Кромами отрядам претендента на трон Лжедмитрия, ждала подкрепления, которое привел П. Ф. Басманов. Последний вместе с митрополитом Исидором принял присягу армии на верность, так как в армии еще не знали о смерти царя. Правда, после этого только что назначенный старший воевода установил связи с противником, после чего склонил других воевод, таких, как И. В. Голицын и М. Г. Салтыков, перейти на сторону Лжедмитрия. 7 мая 1650 г. произошел переход царского войска в лагерь Лжедмитрия, лишь маленький отряд повернул в сторону Москвы. В Путивле самозванец принял присягу своих новых сторонников. Их действия нельзя объяснить верой в то, что Дмитрий именно тот, за кого он себя выдает. Причина была в понимании того, что дело Годунова проиграно. Правда, они могли оправдаться тем, что их измена предотвратила дальнейшее кровопролитие. Впрочем, они обеспечили этим свое собственное положение, а также безнаказанность войск, до тех пор верных царю.
Сведения о происходящем вызвали в Кремле замешательство и паралич; население столицы становилось все более беспокойным, тем более что распространились слухи, будто очень скоро в город вступит новый государь. Тем не менее только в начале июня представители Лжедмитрия огласили манифест победителя. Он пообещал москвичам всеобщее прощение, так как их систематически вводили в заблуждение. Одновременно их призывали арестовать сторонников Годунова, чтобы те понесли наказание. Призыв был сигналом к грабежу домов верных Годунову бояр и частей Кремля. Молодой царь и его мать 1 июня 1605 г. были арестованы, а 10 июня удавлены, дочь Бориса Ксения выжила. Не нашлось никого, кто встал бы на защиту Годуновых, люди явно уже сориентировались в новой ситуации. Во время бурных событий снова прозвучал голос боярина Василия Шуйского, которого Федор Годунов отозвал с фронта вместе с другими воеводами, чтобы лучше контролировать их. Теперь он заявил, что в Угличе в 1591 г. был убит не сын Ивана Грозного, а ребенок некоего священника, а царский сын Дмитрий выжил. Если в свое время, возглавляя следственную комиссию, он высказывал противоположное, то это якобы было из страха перед местью Годунова. Признание Шуйского, очевидно, ни у кого не вызвало сомнений.
Когда 20 июня 1605 г. «чудом спасшийся» царь вступил в столицу, то внешний порядок был уже восстановлен. Оглядываясь назад, можно оценить продлившийся несколько недель период правления Федора Борисовича, как эпизод, поскольку правление как таковое различить трудно, тем не менее оно вскрывает принципиальную проблематику: царь Борис заботился о том, чтобы его дети получили образование, соответствующее их будущей роли; кроме того, он старался приобщать наследника трона к правлению, упоминая его имя в документах, но именно это и могло сказаться негативно. Значительная часть высокопоставленных сановников предчувствовала дальнейшие изменения не в свою пользу, а более широким слоям населения с трудом можно было объяснить смысл новшеств. Таким образом, нельзя было рассчитывать на то, что юный наследник трона будет пользоваться симпатией и сможет сотрудничать с сановниками, имевшими политический опыт. Но примечательна именно их измена: эти люди не только заботились о личном благополучии, они также демонстрировали отказ от тех представлений о политическом развитии страны, какие, как предполагают, имел царь Борис.
Бренные останки царицы-вдовы Марии и Федора Борисовича сначала похоронили в Новодевичьем монастыре. При Михаиле Федоровиче они нашли последнее пристанище в Троице-Сергиевом монастыре. Новые правители все-таки испытывали пиетет. Выжившая дочь царя Ксения оставалась в заточении. Считается доказанным, что Лжедмитрий принуждал ее стать его любовницей. Через несколько месяцев она была отправлена в монастырь и умерла в Суздале в 1622 г. под именем инокини Ольги. Примечательно, что судьба детей Годунова стала темой народной поэзии; певцы сожалели о ней, как о незаслуженной и трагичной. Вероятно, такому взгляду способствовал опыт лет, последовавших за 1605 годом.