Dowództwo GO “Wisła” przez cały czas czuło na plecach oddech wyższego kierownictwa. Marszałek Michał Rola-Żymierski już na początku maja zaczął się dopytywać, dlaczego wyniki zwalczania UPA nie są zbyt imponujące. Również Biuro Polityczne PPR domagało się szybkich i efektownych wyników. Tymczasem osiągnięte w ciągu 25 dni akcji (licząc od 20 kwietnia) rezultaty były skromne, zwłaszcza biorąc po uwagę skalę zaangażowanych sił i środków; w sposób zadowalający przebiegała tylko jej pierwsza (ale i najważniejsza) część, czyli wysiedlenia ludności. Przy takim tempie zabijania i brania do niewoli członków podziemia likwidacja ponad 2 tysięcy partyzantów musiała potrwać jeszcze co najmniej pół roku. I to w dodatku przy utrzymaniu dotychczasowej aktywności i obecności oddziałów WP.
Mossor z pewnością był świadom oczekiwań partii i dowództwa, dlatego starał się je studzić. Postulował wydłużenie czasu samej akcji i zapowiadał ostateczne dobicie podziemia dopiero zimą. Zdawał się przy tym lekko przestraszony, by nie zrzucono na niego odpowiedzialności za mizerne efekty działań przeciwpartyzanckich. Już 29 kwietnia pisał do władz w Warszawie: “po zapoznaniu się z miejscowymi warunkami nie mogę dość silnie nie położyć nacisku na to, że według mego zdania, Państwo nie powinno więcej pozostawiać tych stron bez należytego zabezpieczenia. W przeciwnym razie cała akcja zagospodarowania i wyzyskania tych wartościowych terenów zakończy się kompromitującym fiaskiem. Ostateczna pacyfikacja tych terenów będzie z powodu rozproszenia band procesem dość długotrwałym i sądzę, że likwidacja resztek da się wykonać dopiero w zimie, jeżeli wszystkie oddziały będą zaopatrzone w narty”.
Po zakończeniu pierwszej fazy akcji na posiedzeniu Państwowej Komisji Bezpieczeństwa, które odbyło się 20 maja, generał Mossor razem z ministrem Wolskim zreferowali dotychczasowe wyniki akcji. Dla Mossora nie było to zapewne łatwe doświadczenie. W trakcie obrad PKB musiał przyznać, że w czasie akcji przesiedleńczej doszło do “pewnych niedociągnięć” (czyli przeładowania punktów zbiorczych i problemów z zabraniem dobytku), ale zapewnił, iż zostały one już naprawione i akcja toczy się odtąd w miarę sprawnie. W jego ocenie dzięki przesiedleniom zniszczono cywilną siatkę “band”, a brak sukcesów w walce z partyzantką tłumaczył rozproszeniem oddziałów UPA na drobne grupy. Przyznawał, że “w pierwszych dniach działalności GO zwrócono zbyt małą uwagę na zwalczanie band”, ale podkreślał, iż “błąd ten został niezwłocznie naprawiony”. Głos zabrał również Wolski, który także zwrócił uwagę na kłopoty wynikające z nagromadzenia zbyt dużej liczby ludzi na stacjach załadowczych. W czasie dyskusji wszyscy zasadniczo zgadzali się, by większą wagę przyłożyć do zwalczania partyzantki i lepszego rozpracowania operacyjnego podziemia. Podsumowując spotkanie, minister Radkiewicz uznał dotychczasowe wyniki operacji za pozytywne, jednak podkreślił konieczność zwiększenia wysiłków na rzecz likwidacji UPA.
22 maja minister Radkiewicz po raz kolejny poinformował Biuro Polityczne o wynikach “akcji ukraińskiej”. Do tego momentu na Ziemie Odzyskane wywieziono ponad 57 tysięcy ludzi. Zwrócił przy tym uwagę, iż wysiedlenia obejmą jeszcze tak dużą grupę ludności, że na Ziemiach Odzyskanych “należy przygotować miejsce na przesiedlenie ludzi z II etapu”. Mówił też o konieczności dalszego konsekwentnego zwalczania podziemia, liczącego — jak oceniano — około 2 tysięcy ludzi. I właśnie ten wątek zapewne najbardziej interesował członków Biura, dla których chyba nie do końca było jasne, dlaczego tak silne jednostki wojskowe nie potrafią sobie poradzić z “ukraińskim faszyzmem”. Mimo to rozumieli, że warunkiem oczyszczenia wschodniego pogranicza z “reakcyjnych wrogów” jest cierpliwe kontynuowanie operacji i rozszerzenie jej na Lubelszczyznę. Na to ostatnie członkowie Biura zgodzili się już na posiedzeniu 3 maja — być może pod wpływem szybkiego tempa akcji wysiedleńczej w jej pierwszych dniach lub fałszywej informacji o zasztyletowaniu ochrony jednego z transportów.
9 maja sztab GO wydał rozkaz operacyjny nr 005 o przegrupowaniu jednostek, które brały udział w operacji, i wyznaczeniu zadań stojących przed nimi w jej drugiej fazie. Już w pierwszych zdaniach zaznaczono, że celem działań ma być “ostateczna likwidacja band” oraz “całkowite zakończenie akcji przesiedleńczej”, a ponadto zgrupowanie rodzin polskich w wybranych miejscowościach i zabezpieczenie płodów rolnych pozostałych po wysiedleńcach. Mossor podkreślał, iż zamierza “skierować główny wysiłek wszystkich jednostek Grupy Operacyjnej dla likwidacji band UPA”, i od realizacji tego celu uzależniał “tempo i sposób prowadzenia” dalszej akcji wysiedleńczej. Jak wynikało z tych słów, tym razem faktycznie główny akcent postanowiono położyć na likwidację trzech kureni (batalionów) UPA: “Rena”, “Bajdy” i “Zalizniaka”, nazywanego w dokumentach “Żeleźniakiem”.
Jednocześnie planowano rozszerzenie obszaru działań GO na zachód i północ właśnie pod kątem akcji wysiedleńczej. Zgodnie z założeniami 6. kombinowana dywizja piechoty otrzymała zadanie przesuwania się w kierunku zachodnim, najpierw do Jasła, a później do Gorlic i Nowego Sącza, a 7. kombinowana DP miała przemaszerować przez Pogórze Przemyskie — po drodze prowadząc obławy przeciwpartyzanckie — i rozlokować się w powiatach Jarosław i Lubaczów. 1. Dywizja KBW wzięła pod swoją opiekę całe Bieszczady (dotychczas zabezpieczane także przez siły 6. i 7. dywizji), 8. kombinowana DP i 9. DP miały dalej prowadzić działania w pasie Przemyśl–Sanok, a 3. kombinowana DP — po wzmocnieniu przez pułki 5. i 14. — miała przesunąć akcję na teren powiatu tomaszowskiego.
Mossor polecił dowódcom dywizji “ewakuację przeprowadzać humanitarnie i bez zgrzytów”. Należało zadbać o zaopatrzenie w żywność, paszę dla zwierząt, zapewnienie opieki sanitarnej. Jednocześnie milcząco przyjęto do wiadomości różne protesty napływające z terenu i postanowiono po cichu zawęzić kategorię osób podlegających wysiedleniu. Decydenci zdali sobie w końcu sprawę, iż kategoria “mieszańców” jest na tyle pojemna, że można pod nią podciągnąć nadmierną liczbę osób, co koniec końców wywoła efekt odwrotny do zakładanego — czyli całkowite zniechęcenie lokalnej społeczności do władzy. Dlatego w drugiej fazie działań generał Mossor kazał wysiedlać już nie wszystkich “mieszańców”, lecz tych, którzy mając ukraińskie koligacje rodzinne, są podejrzani o współpracę z podziemiem. To oczywiście też były nieostre zalecenia. Jak bliski stopień pokrewieństwa był podejrzany? I co to znaczyło “sympatyzuje z podziemiem”? Wszystkich, którym udowodniono współpracę, od razu wtrącano do więzienia. Ci, na których spoczywał choćby cień podejrzenia, trafiali do aresztu lub obozu w Jaworznie, zatem sympatykami podziemia były zapewne z definicji osoby spokrewnione ze schwytanymi członkami ukraińskiego podziemia oraz te, na które ktoś złożył donos. W rzeczywistości decyzję o kwalifikacji do wysiedlenia pozostawiano zatem w rękach lokalnych struktur bezpieczeństwa. Było to dość wygodne dla decydentów, gdyż mogli swobodnie dopisywać osoby typowane do wywózki. W praktyce o tym, kto zostanie umieszczony na liście do wyjazdu, a kto nie, mógł dowolnie rozstrzygać prowadzący akcję oficer WP lub KBW. Dodajmy, że panowała jednocześnie zgoda co do tego, by najbardziej “niepewne elementy” wysiedlać bez względu na narodowość, z tą tylko różnicą, iż “doły” partyjno-bezpieczniackie dążyły do rozszerzania list wysiedleńczych, natomiast góra traktowała je jako furtkę przeznaczoną dla najbardziej zatwardziałych rodzin polskich “reakcjonistów”.
Tak czy inaczej, w drugiej fazie należało włożyć znacznie więcej wysiłku w przygotowanie poprawnych list wysiedleńczych — przynajmniej na terenach, gdzie liczba polskiej ludności była większa — niż w pierwszych dniach operacji. Co gorsza, utrudniało ją coraz bardziej nerwowo zgłaszane oczekiwanie, by w końcu poczynić jakieś postępy w zwalczaniu UPA.
Na początku czerwca komuniści odetchnęli z ulgą. Gdy 8 czerwca minister Radkiewicz po raz kolejny informował Biuro Polityczne PPR o “akcji ukraińskiej”, mógł zameldować o realnych sukcesach w walce z UPA, co w protokole ujęto zdawkowo słowami: “Operacje polepszyły się — duże efekty”. Radkiewicz przyznał jednak, że tempo wysiedlania zostało zmniejszone i do wywiezienia pozostało 40–45 tysięcy ludzi. Także z tego powodu uznał, że “akcja nie może zostać zakończona w przewidzianym terminie 2 miesięcy”. Jego argumentacja została przyjęta: “Postanowiono: Akcję doprowadzić do końca. Demobilizację pewnych części [Wojska Polskiego — G.M.] przesunąć na miesiąc później. Zasilić teren wojskami KBW z terenów zachodnich i Pomorza”. Tydzień później, 14 czerwca, Biuro Polityczne PPR zwiększyło budżet operacji, dorzucając 150 milionów złotych na kolejny miesiąc akcji. Tym samym zadecydowano, że Grupa Operacyjna “Wisła” będzie istnieć do końca lipca 1947 roku.