2 сентября Свердлов созывает президиум ВЦИК, на который вызывает Петерса с докладом о ходе следствия. Петерс говорит, что появляются новые данные, что будет проведён следственный эксперимент и дактилоскопическая экспертиза. Но Свердлову хотелось побыстрее поставить точку.
— Я согласен, что следствие нужно продолжить. Однако с Каплан придётся решать сегодня.
— Но если следствие нужно продолжить, то как можно решать с Каплан, которая является главным обвиняемым по этому делу? — возразил Петерс.
— В деле есть её признание? — спросил Свердлов, и тут же сам ответил на поставленный вопрос. — Есть! Товарищи, вношу предложение — гражданку Каплан за совершенное ею преступление сегодня расстрелять.
— Но признание не может служить доказательством вины, — пытался доказывать своё Петерс.
— Нам объявили войну, мы ответим войною. И чем жёстче будет её начало, тем ближе станет конец, — сказал, как отрезал, Свердлов. — Мы должны начать осуществлять на всей территории Советской республики красный террор против врагов рабоче-крестьянской власти.
— Но с дела Каплан мы имеем шанс раз и навсегда отказаться от подмены закона какой бы то ни было целесообразностью, — отстаивал свою точку зрения Петерс.
Но, увидев поднятые вверх руки членов президиума ВЦИК, Свердлов не стал больше даже говорить на эту тему. Это было вполне в стиле Якова Михайловича. Точно так же, безапелляционно и практически самолично он принял решение не далее как в июле месяце о расстреле Николая Романова, бывшего российского императора.
Вечером того же дня на Лубянку приехал комендант Кремля Мальков с постановлением ВЦИК перевести Каплан из ВЧК в Кремль. Это был уже не первый в этот день визит в ВЧК Малькова. Сначала он пытался словами убедить Петерса в необходимости расстрела Каплан. Когда это не удалось, он вернулся за письменным постановлением.
Прочитав постановление, Петерс задумался. Он не знал, как ему в тот момент поступить: самому ли застрелить эту женщину, которую он ненавидел не меньше, чем его товарищи, или отстреливаться от своих товарищей, если они станут забирать её силой, или же... застрелиться самому.
Впрочем, минутный порыв прошёл и Петерс распорядился передать арестованную Каплан в ведение Малькова. Павел Дмитриевич Мальков привёз Каплан в Кремль и посадил в полуподвальную комнату под детской половиной Большого кремлёвского дворца. И стал ждать дальнейших указаний.
Утром 3 сентября Владимир Ленин впервые после ранения попросил доложить ему, как идут дела. Ленину доложили, что следствие по делу о покушении на него закончено, подозреваемая в покушении, Фанни Ефимовна Каплан арестована и созналась в преступлении.
— Что с ней? Надо бы сохранить ей жизнь, — попросил Ленин.
— Поздно, Владимир Ильич, — ответил Свердлов. — Она расстреляна.
В это время в кабинет к Малькову вошёл Аванесов. Он предъявил коменданту Кремля постановление ВЧК о расстреле Каплан.
— Когда? — коротко спросил Мальков.
— Сегодня, немедленно, — ни один мускул на лице Аванесова при этих словах не дрогнул.
Минуту помолчав, теперь уже спросил Варлаам Александрович Аванесов.
— Где будете расстреливать?
— Пожалуй, во дворе Автобоевого отряда. В тупике, — после некоторого раздумья произнёс Мальков.
— Согласен, — кивнул Аванесов.
В этот момент к Малькову заглянул и Свердлов. Он, как никто другой, торопился с исполнением приговора: то ли боялся, что его не выполнят, то ли не до конца доверял чекистам.
— А хоронить её где будем? — спросил Мальков.
Аванесов задумался, но молчание прервал Свердлов:
— Хоронить Каплан не будем. Останки уничтожить без следа.
И здесь Яков Михайлович не был оригинален: точно также он приказал поступить и с останками расстрелянной семьи Романовых.
Мальков несколько опешил от этих слов, но даже и не подумал ослушаться приказа. В четыре часа дня 3 сентября он велел начальнику Автобоевого отряда выкатить из боксов несколько грузовых автомобилей и запустить их моторы, а в тупик загнать легковую машину и повернуть её радиатором к воротам. В воротах гаража он поставил вооружённую охрану — двух латышских стрелков.
После этого лично отправился за Каплан, вывел её во двор и скомандовал:
— К машине! — указав на стоящий в тупике автомобиль.
Ничего не подозревавшая Каплан лишь судорожно передёрнула плечами и пошла в указанном направлении. Шаг, другой, третий. Мальков поднял пистолет и выстрелил. Позднее в своих воспоминаниях комендант Кремля напишет:
"Было 4 часа дня 3 сентября 1918 г. Приговор был исполнен. Исполнил его я, Павел Дмитриевич Мальков, — собственноручно. И если бы история повторилась, если бы вновь перед дулом моего пистолета оказалась тварь, поднявшая руку на Ильича, моя рука не дрогнула бы, спуская крючок, как не дрогнула она тогда..."
И плевать было ему, Павлу Дмитриевичу Малькову, на то, что никаких доказательств того, что именно Фанни Каплан, эта полуслепая и битая жизнью женщина, стреляла в Ленина, так найдено и не было.
Неожиданным свидетелем казни оказался живший в те годы в Кремле пролетарский поэт Демьян Бедный. Он всецело поддержал расстрел, ни секунды не раздумывая. Более того, после расстрела он помог Малькову оттащить тело казнённой в Александровский сад, помог ему найти пустую бочку, засунуть тело мёртвой женщины в эту бочку. Они облили её бензином и подожгли. И тут с поэтом случилась неприятность: почувствовав запах горелой человечины, весьма грузный Бедный упал в обморок.
Волна расстрелов "за кровь Ленина и Урицкого" с Каплан лишь началась. В Петрограде, только по официальным данным, было расстреляно 500 заложников, в Москве — более 100 человек. Всего же по России до конца 1918 года было казнено более пятидесяти тысяч человек.
Подобные действия Кремля возмущали не только врагов и оппонентов большевиков. Находились люди и в их рядах, которые не могли молчать по этому поводу. Так, старый большевик (член партии ещё с 1898 года), талантливый публицист Михаил Ольминский, кстати, сам пострадавший во время взрыва в 1919 году в Леонтьевском переулке, в здании Московского комитета РКП(б), когда был убит Загорский, смело заявил: "Можно быть разного мнения о красном терроре, но то, что сейчас творится, это вовсе не красный террор, а сплошная уголовщина". А красный командир и политработник Александр Дьяков пошёл ещё дальше, добившись приёма у Ленина, заявил, глядя ему в глаза:
— Разве вы не слышите голосов рабочих и крестьян, требующих устранения порядков, при которых могут человека держать в тюрьме, по желанию передать в трибунал, а захотят — расстрелять?
Правда, и Ольминскому, и Дьякову повезло — всё-таки Ленин, в отличие от Сталина, умел выслушивать прямую критику и не судить критикующих его. Оба этих деятеля умерли своей смертью.