С приездом Тухачевского порядка в тамбовском командовании стало намного больше. Согласно его плану, борьбу вели одновременно в двух направлениях: уничтожение живой силы противника и оккупация освобождённых районов, что должно было способствовать созданию перелома в среде, питавшей повстанцев. Пошла ожесточённая борьба с подпольными организациями антоновцев, вплоть до арестов членов их семей и укрывателей и сжигания их домов с разграблением (или, как это называлось у большевиков, конфискацией) их имущества. Во главе боевых участков, их всего было шесть, поставлены, например, такие известные в стране военачальники, как Котовский, Федько, Тюленев и другие. При боевых участках стали создаваться военные посевные комитеты. На борьбу с крестьянской армией были направлены лучшие на тот момент военачальники Красной Армии и последние достижения военной техники и тактики. И даже в этом случае сопротивление такой махине продолжалось не один месяц.
Из войсковых частей, которых к этому времени прибыло в Тамбов вполне достаточно, были составлены летучие колонны, которые должны были действовать совместно с оккупационными отрядами, находившимися на местах. Впрочем, не всегда такая тактика срабатывала, ибо партизаны имели возможность распыляться не только на мелкие группы, но и по одному. И поди их тогда вылови. Уйдя же от преследования, они вновь собирались в заранее условленных местах и снова превращались во вполне действующую партизанскую боевую единицу.
Тем не менее, в апреле-мае в Тамбов прибыли ещё и курсантские части Московского и Орловского военных округов. Формально — для отбытия учебного лагерного сбора. Однако расквартировали их в самом эпицентре антоновских войск — в деревнях Каравайня, Трескино и Калугино.
19 мая курсанты после парада в Тамбове направились к месту своей дислокации, куда прибыли 24 числа. А накануне, 23 мая, им даже пришлось вступить в бой с 16-м Золотовским полком армии Антонова. Бой закончился ничем — антоновцы благополучно ушли в леса, а курсанты прибыли в свой лагерь.
Но нахождение курсантов в этих районах заставило антоновцев передислоцироваться — основные силы повстанцев ушли на юг, к деревням Хитровщина, Каравайня, Паревка, а затем ещё ниже — на Никольский Перевоз и далее, через железную дорогу, на самый юг Тамбовщины.
Стали помогать властям и крестьяне. Так, с их помощью, в течение мая месяца в Козловском уезде было выловлено более полутора тысяч антоновцев, в Борисоглебском уезде — до 500 человек.
Решительные действия против антоновцев начались в конце мая.
Первый удар был нанесён по 2-й армии мятежников, возглавляемой Антоновым, вблизи Инжавино на реке Вороне. Под началом у Антонова было около трёх тысяч человек. Против него действовали кавалерийская бригада Григория Котовского, 7-е Борисоглебские кавалерийские курсы, 14-я отдельная кавбригада и несколько отдельных летучих полков. Пытаясь уйти от окружения, Антонов перешёл в Саратовскую губернию, но Тухачевский предвидел такой манёвр и мгновенно перевёл туда свои части: кавалерийские бригады Котовского, Ковалева, Дмитриенко, три автобронеотряда под общим командованием Уборевича. Особенно успешно действовала бронекоманда, от которой уйти антоновцам было практически невозможно. В течение девяти дней отряд из семи машин с 47 красноармейцами участвовал в шести боях с партизанами, нанося им чувствительные поражения.
В конце мая удалось нанести поражения повстанческим отрядам под командованием Богуславского и Матюхина. 2 июня Иероним Уборевич настиг под Сердобском, у села Елань, что в Саратовской губернии, главное ядро антоновской армии, куда входили полки: Особый, 4-й Паревский, 3-й Низовский, 9-й Семёновский, 7-й Верхоценский, 14-й Нару Тамбовский и другие, — и в ходе ожесточённого сражения одержал победу. Более двухсот партизан было убито и ранено, захвачен их обоз, более трёхсот лошадей, 2 пулемёта, 150 винтовок. Через несколько дней недалеко от деревни Киселёвки был окружён и сброшен в реку Сердобу кавалерийский полк, которым командовал лично Антонов. В этом бою антоновцы потеряли до 600 человек и 9 пулемётов из 16. Сам Александр Антонов был ранен и вынужден был бросить свою армию, чтобы с наиболее верными своими частями уйти из Саратовской губернии в свою родную Тамбовскую. Но и там их ждала жестокая битва. У леса близ Рамзы их ждали красные курсанты. Отбившись от них, антоновцы повернули на юг и скрылись в Чернавском и Пущинском лесах, где и начали вновь собирать силы. Через несколько дней там сосредоточилось уже порядка полутора тысяч партизан. Тухачевский приказал немедленно их уничтожить, для чего выделил особую группу.
В конце же мая в районе сел Покровское и Шереметьевка, Тамбовского уезда, был окончательно разгромлен отряд Селянского. Преуспел в боях с Селянским 58-й полк, которым командовал юный Аркадий Голиков (будущий писатель Гайдар). Раненый чуть позже комполка писал из госпиталя домой: "В течение всего лета не слезал с коня. Был назначен врид командующего боевого участка... Живу хорошо".
Всего же за время с 6 мая по 14 июня потери антоновцев составили 3783 человека убитыми, 2585 — пленными. Добровольно, с оружием в руках сдалось ещё 1169 человек.
Ленин беспокоился о положении дел на Тамбовщине, постоянно спрашивал у Склянского:
— Как дела у Тухачевского? Всё ещё не поймал Антонова? Нажимаете ли Вы? Когда доклад в Политбюро?
1 июня к Ленину обратился с письмом секретарь Тамбовского губкома РКП (б) Васильев: "Мы просим Вас взять дело борьбы с антоновщиной также под Ваш персональный контроль и руководство". В тот же день Ленин написал записку секретарю ЦК Вячеславу Молотову:
"... прошу
1) либо поставить в Оргбюро проверку (исполнения поручения Цека о том, чтобы кончить с Антоновым), либо секретариату ЦК произвести эту проверку путём ознакомления с документами и вызовом т. Склянского и ещё кого-либо;
2) переслать прилагаемое секретно и лично т-щу Склянскому с тем, чтобы он прочёл и вернул мне, добавив (Вам; копию мне), какие меры нажима он принял".
Тухачевский же докладывал 9 июня на заседании Полномочной комиссии ВЦИК:
— Бандитизм не удалось ликвидировать согласно заданию ЦК в месячный срок, так как сосредоточение сил закончилось только в двадцатых числах мая. Кроме того, до самого последнего времени операции не были достаточно согласованы... Теперь надо учесть прошлый опыт, предусмотреть допущенные ошибки, в первую очередь произвести разгром живых сил Антонова одним или несколькими оглушающими ударами.
После фактической ликвидации 2-й армии Антонова, главные свои силы, в том числе и автобронеотряды, Тухачевский перебросил против 1-й армии Богуславского, состоявшей из четырёх полков (1-го, 5-го, 7-го и 20-го) общей численностью около двух тысяч человек и располагавшейся в районе деревень Семёновка, Каменка и Михайловка Тамбовского уезда. К ней присоединились остатки полков 2-й армии. Кроме того, в этих краях постоянно передвигались мелкие отряды партизанской ВОХРы. В Каменке всё ещё работал в подполье Губернский Комитет Союза Трудового Крестьянства.
В состав сводной группы Красной Армии по уничтожению армии Богуславского, которую также возглавил Уборевич, вошли две кавалерийские бригады (Котовского и 14-й кавдивизии) общей численностью до 1900 сабель с 5 орудиями, а также три бронеотряда из 20 броневиков и боемашин с двумя пулемётами на каждой.
Уборевич приказал окружить Богуславского в районе деревень Каменка-Михайловка. Для этого кавалерийским бригадам приказано выступить из занимаемых районов на рассвете 15 июня и стремительно наступать широким фронтом в западном направлении, уничтожая по пути мятежников. К 9 часам утра указанный район необходимо было занять. Для охвата с запада бронеотряду №52 ВЧК следовало атаковать через деревню Пановы Кусты район Каменка-Фёдоровка. Бронеотряду №1 через Павлодарово атаковать Волхонщина-Мордвиновка. Третий бронеотряд оставался в резерве. Но каково же было удивление, когда вся эта красная махина пошла в наступление, а ей никто не оказывал сопротивления в силу того, что в Каменке просто никого из регулярных антоновских частей не осталось.
Богуславский перехитрил красных: ещё в ночь на 14 июня вся партизанская армия тихо снялась и незаметно вышла из окружения, уйдя за Дон. Уборевич был в бешенстве. Как можно было прошляпить уход целой многотысячной армии? Бросил в погоню бронеотряды, которые 16 июня и настигли партизан у деревни Поспеловка. В полуторачасовом бою антоновцы потеряли около 150 человек убитыми и ранеными, бросили весь свой обоз и пять пулемётов, тем не менее, остальные успешно переправились на левый берег Хопра и ушли в Воронежскую губернию.
Автобронеотряд ВЧК им. Свердлова бросился в погоню и 17 июня в селе Калмык разгорается новый бой с частями Богуславского. На этот раз противостояние длилось целых пять часов. Антоновцы вынуждены были снова отступить и рассеяться по берегу реки Хопёр. 18 июня красные без боя занимают станицу Урюпинскую и переправляются через Хопёр к хуторам Батраков и Бубновский, а затем продвигаются до станицы Карогонной, где вновь вступают в схватку с Богуславским. После нескольких часов боя, красным удалось окружить остатки войск Богуславского и прижать их к реке. 20 июня под Урюпинском 1-я армия повстанцев была практически уничтожена.
21 июня начальник штаба РККА П.П. Лебедев докладывал Ленину:
— В общем, операции против банд за истекший с начала июня период свелись к следующему: в северной части губернии ликвидировано несколько мелких партий во главе с главарями; в Козловском районе спокойно; в Тамбовском районе наши части имели ряд успешных боев с бандами, входящими в состав 1-й и 2-й партизанских армий; банде Карася нанесено значительное поражение; в Борисоглебском районе полностью уничтожена банда Богуславского; в Кирсановском районе идёт ликвидация остатков банды Антонова, крестьяне окрестных деревень принимают участие в вылавливании бандитов. В Тамбовском, Моршанском, Козловском и Кирсановском районах продолжается добровольная явка значительного числа бандитов и дезертиров, продолжается вылавливание бандитов нашими отрядами.
23 июня части Красной Армии окружили район Чернавка, Троицкая-Караул, Усть-Панна Богданова, Ивановка, Никольская-Ржакса и Никольская-Перевоз и начали сходиться к центру. Во время этого движения происходили постоянные столкновения с антоновцами. Перестрелки заканчивались тем, что последние просто рассеивались в лесах.
Эскадрон Казанского полка в направлении на Чернавку-озеро Ильмень, был встречен эскадроном антоновцев в количестве сто человек, бросившимися в атаку на высланный вперёд авангард. Однако, услышав шум и стрельбу. Основные силы казанцев тут же предприняли своё наступление и отогнали партизан в Чернавский лес. Там они перегруппировались и снова бросились на красных. Те не ожидали такой дерзости. Начали было отступать, но в этот момент стоявшая в арьергарде батарея открыла огонь по антоновцам. А вскоре подоспел и 1-й эскадрон 1-го кавполка. Антоновцы окончательно скрылись в лесу, оставив на поле битвы 8 убитых и 15 лошадей.
Владимирский пехотный батальон, двигавшийся на деревню Картавцево, был атакован эскадроном повстанцев, численностью в 100-110 сабель. Но и здесь на выручку своим подоспел взвод Саратовской артиллерийской батареи и Рязанский эскадрон.
Отдельная кавбригада Григория Котовского освободила от повстанцев деревни Никольская-Перевоз и Лебяжье. Антоновцы ушли в лес.
К ночи 23 июня лес был окружён. 24-го на рассвете артиллерия открыла огонь по заранее намеченным квадратам. После двухчасовой артподготовки пехота цепью двинулась прочёсывать эту местность.
От деревни Троицкая-Караул на юг по правому берегу реки Вороны были двинуты коммунары. По левому берегу от Нащёкина к озеру Ильмень шла Курская рота. Через Пущинский лес двигались Рязанская и Владимирская роты. Коммунары в районе плотины столкнулись с небольшим отрядом партизан, с которыми не стали церемониться, открыв по ним залповый огонь. Партизаны бросились вброд и вплавь на левый берег Вороны, но там их перехватили другие две роты — коммунаров и Курская. То же самое происходило и с другими партизанскими отрядами, в большинстве своём одетыми, несмотря на жару, в кожаные куртки и красные фуражки: пытаясь спастись, они метались с одного берега реки на другой, но их частично расстреливали, частично они сами гибли вместе с лошадьми в водах Вороны.
Результатом этой операции явилось частичное уничтожение Особого, 9-го, 4-го и 17-го полков Народной армии Антонова. В цифрах это выражалось так: убито 270 партизан, захвачено в плен 38, взято лошадей 168, винтовок — 206 и один пулемёт.
После этих боев зачистка лесов продолжалась. В результате были пойманы или убиты члены губернского комитета СТК или руководители партизанских отрядов: братья Санталовы, Попов, Макаров, Митин, врач Шалаев и один из адъютантов Антонова — Козлов. Именно от Козлова были получены сведения о том, что Антонов уехал из этих мест ещё вечером 22 числа.
В первых числах июля бригаде Котовского, борисоглебским курсантам и Орловскому батальону поставлена задача уничтожить части 16-го Золотовского и 14-го Нару-Тамбовского полков, находившихся в районе сел Золотое и Хитровщина. Бригада Котовского в районе деревень Берёзовка-Туменские Дворики удачными действиями уничтожила большую часть этих полков. Зато борисоглебские курсанты были наголову разгромлены антоновцами в районе деревни Фёдоровка-Мордва. Погибли, в том числе, командир полка, старший врач и многие младшие командиры.
В приказе Полномочной комиссии ВЦИК по результатам последних боев отмечалось: "Кончил "гулять" Антонов. Железные кони Красной Армии взяли верх над награбленными конями белых бандитов... Сдавайтесь! Руки назад вашим организаторам, командирам, ведите их в красный штаб, сдавайте оружие. Советская власть будет милостива к тем, кто раскается и проявит своё раскаяние. Советская власть будет беспощадна к нераскаявшимся злодеями".
Всего с мая по август 1921 года добровольно сдались советским властям около 15 тысяч (!) антоновцев.