Гордон скончался в своём доме в Немецкой слободе утром 29 ноября 1699 года. Как пишет австрийский дипломат Иоанн Георг Корб, царь приказал отправить похороны своего военного наставника «с той же пышностью, что и генерала Лефорта».
Корб пишет: «Его царское величество навещал его пять раз во время его предсмертной болезни, а в последнюю ночь был у него дважды и собственной рукой закрыл ему глаза, когда тот испустил дыхание». Об этом же свидетельствует находившийся тогда в Москве иезуит Франциск Эмилиан, находившийся у постели умирающего до последнего мига.
В своём письме из русской столицы Франциск Эмилиан подробно описывает кончину царского любимца. Письмо начинается со слов: «Ослабела наша паства в своих силах, потому что наш столп, господин генерал Гордон простился с этим миром...»
Таким выражением иезуит отдавал последнюю дань шотландскому дворянину Патрику Леопольду Гордону, ревностному католику, прожившему почти всю свою сознательную жизнь в православном, «еретическом» Российском государстве, известном на рубеже XVII-XVIII веков в Европе ещё как Московия.
Тот же австрийский католический миссионер Франциск Эмилиан, последние дни безотлучно находившийся в гордоновском доме, описал их с большими подробностями:
«...Я был при нём до последней минуты. Во время этой болезни... он много раз врачевал себя св. исповедью и подкреплял св. причастием. В то время, как я совершил таинство елеосвящения, он просил, чтобы мы оба (с другим иезуитом Иоанном Берулой) пришли к нему, и, когда это было исполнено, он простился с нами.
В полдень прибыл и светлейший царь. Увидев, что я стою у умирающего, он спросил генерала:
— Это врач твой?
Господин генерал отвечал на это:
— Да, светлейший государь! Телесные врачи теперь мне не помогут; единственное утешение мне — врач моей души.
На это царь ответил... После того светлейший царь совещался с находившимися тут врачами и сам советовал разные средства. Прибыв затем опять, около 11 часов ночи, когда я тут находился неотступно и когда больному, по-видимому, стало лучше, царь удалился с великим утешением; но вскоре после его ухода боли стали сильно увеличиваться, так что генерал сказал мне:
— Отец, для чего вы молитесь о моём здоровье; всё кончено, приготовимся в путь.
Поэтому вскоре затем, по его желанию, мы стали читать отходную его душе, и он как будто по данному знаку впал в агонию, но затем, воздав ещё твёрдым голосом глубочайшее благодарение Богу за то, что умирает не так, как пришлось умереть столь многим другим без священника, без Св. Таинств, в татарских степях, просил нас ещё прочитать псалом «Помилуй мя, Боже», наскоро простился с супругой, благословил сыновей и дочерей и затем, приказав им слабым голосом удалиться, повторил уговор, чтобы по его знаку дать ему разрешение, и прерывающимся голосом стал указывать в частности, что нужно разрешать, а также сказал опять о своём намерении приобресть священные индульгенции.
Вдруг голос его стал более и более слабеть; тем не менее, хотя голос его уже прерывался, он продолжал, насколько мог, перечислять дела веры, надежды и любви и вдруг, осеняя себя святым крестом, ударил себя в грудь и схватил мою руку. Придя в себя, он опять осенил себя крестом, подал условленный знак, опять убеждал, чтобы исполнено было его решение касательно священных индульгенций, призывая святейшие имена, которые он кое-как повторил три раза, затем совершенно потерял голос и, подняв глаза на висящий вблизи постели образ Пресвятой Девы, лишился всех чувств в то самое время, как светлейший царь входил в соседнюю комнату.
Когда светлейший царь вошёл и увидел, что я отступаю к изголовью, чтобы не заслонять с правой стороны умершего, то царь сказал:
— Оставайся здесь, отец, и делай своё дело, как хочешь; я тебе не буду мешать.
При этом он возгласил к умершему:
— Пётр Иванович, не узнаешь меня?
Но он даже не отвёл глаз от образа Пресвятой Девы Марии и не подал никакого знака, что узнает. После двух лёгких конвульсий он сладко вздохнул. Тогда светлейший царь, взяв зеркало, исследовал, есть ли ещё признак жизни, не нашёл никакого и, взглянув на меня, сказал:
— Отец, я думаю, он уже умер.
Когда это подтвердили и врачи, то я совершил обычный обряд, и когда я вливал в сосудец святую воду, чтобы окропить умершего, светлейший царь подошёл и спросил меня:
— Что это такое?
Я ответил:
— Святая вода.
— Хорошо, очень хорошо ты делаешь.
Ответил он и, закрыв умершему глаза и поцеловав его, с глазами, исполненными слёз, удалился».
Впоследствии в шотландском городе Абердине, в 1859 году, выйдет книга о замечательном сыне британских гор. Среди прочего в ней будет сказано:
«Глаза того, кто покинул Шотландию бедным одиноким странником, были закрыты рукой императора».
...Последнее пристанище генерал Пётр Иванович Гордон, верно служивший государям Русского царства, нашёл в склепе под алтарём первого в Московии католического храма, основанного и сооружённого в 1694 году благодаря его трудам и просьбам к российскому самодержцу. Гордон же добился высочайшего разрешения на постоянное пребывание в столице России католического священника.
Похороны Патрика Гордона в Москве стали одной из самых торжественных церемоний петровского царствования. В траурной процессии участвовало три полка московского гарнизона, в том числе и солдатский Бутырский. Ход процессии сопровождался скорбными звуками труб и боем в барабаны. Государь самолично занимал привычное место в рядах бомбардирской роты потешного Преображенского полка. В заключение прозвучал залп из двадцати четырёх больших пушек. Этот залп служил на похоронах или выражением скорби, или последним выражением воинских почестей боевому генералу русской армии, уходившему в мир иной.
Похороны проходили в жесточайший мороз, какого в Москве, по свидетельству иностранцев, не наблюдалось в многие годы.
На церемонии прощания последний русский царь Пётр I Алексеевич Романов сказал о заслугах почившего генерала горестно и искренне:
— Я и государство лишились усердного, верного и храброго генерала. Если б не Гордон, Москве было бы бедствие великое. Я даю ему только горсть земли, а он дал мне целое пространство земли с Азовом.
Под бедствием великим государь всея Руси понимал Стрелецкий бунт и события под стенами Воскресенского монастыря, последнюю попытку его сестры царевны Софьи Алексеевны вырвать из рук брата державную власть...
Эти слова приведены в историческом труде «Достопамятные повествования и речи Петра Великого» Андрея Константиновича Нартова, обучавшего юного Петра I токарному делу. Нартов в своей работе добавляет сказанное царём на гордоновских похоронах:
«Сей чужестранец по сказанию тех, кои его лично знали, любим был не только Петром Великим, но и подданными его. Смерть его была сожалением всеобщим».
Надгробную речь, которую читал ксёндз-католик Иоанн Берула, он же и иезуит, царь приказал читать по-польски. Труды другого иезуита Франциска Эмилиана пропали даром — он готовил надгробную речь на латыни. Поэтому миссионер напишет в своём письме из Москвы о том эпизоде следующее:
«Некоторые змеи-еретики, боясь, что наш генерал получит какое-либо большее прославление, чем Лефорт, так устроили у царя, что накануне похорон к ночи пришло приказание, чтобы надгробная речь была по-польски...
О царе говорят что кому вздумается, но несомненно, что у него громадные дарования.
...Это был бы знаменитейший государь и был бы благосклоннейшим к нам, если бы его не окружало столь много ядовитых лиц, которые всячески противодействуют нашему благу...
О, если бы Бог тронул сердце светлейшего царя!»
Основанный преданным сторонником королевского дома Стюартов и ревностным приверженцем Римской церкви военачальником Патриком Гордоном, первый католический костёл в России находился в районе современного Старокирочного переулка первопрестольной русской столицы. До наших дней он не сохранился из-за ветхости постройки. Прах шотландца на русской военной службе, петровского генерала Петра Ивановича Гордона ещё в XIX веке был с почестями перенесён на московское Введенское кладбище.
Своеобразным и достоверным эпиграфом ко всей жизни и воинской службе шотландца Патрика Гордона в России могли бы стать стихотворные строки, вышедшие из-под пера великого английского поэта лорда Джона Байрона:
Генерал Патрик Гордон
Мечом своим твёрдо
Служил под московской властью,
Учить помогая Люд странного края,
Что мнил брадобритье несчастьем...