Основные нравственные вопросы романа, такие как проблема совести и власти, трусости и милосердия, связаны с образом Понтия Пилата. Встреча с Иешуа навсегда изменит жизнь прокуратора.
Трусливые и подлые законы, подобные закону об оскорблении кесаря, предписывают приговорить философа к казни. Но сердце Пилата, его совесть говорят о невиновности Иешуа. Пилат боится защитить Иешуа. Страшным призраком появляется перед прокуратором в полутьме дворца образ римского императора: «на... плешивой голове сидел редкозубый венец; на лбу была круглая язва, разъедающая кожу и смазанная мазью; запавший беззубый рот с отвисшей нижней капризной губой». Ради такого императора Пилату приходится осудить Иешуа. Почти физическую муку ощущает прокуратор, когда объявляет, стоя на помосте, о начале казни преступников, всех, кроме Вар-раввана.
После того как казнь преступников состоялась, Пилат узнает от верного Афрания, что во время казни Га-Ноцри был немногословен и сказал только, что «в числе человеческих пороков одним из самых главных он считает трусость». Прокуратор понимает, что свою последнюю проповедь Иешуа читал для него, его волнение выдает «внезапно треснувший голос». Всадника золотое копье нельзя назвать трусом — несколько лет назад он спас великана Крысобоя, бросившись ему на помощь в гущу германцев. Но душевная трусость, трусость за свое положение в обществе, страх перед публичным осмеянием и гневом римского императора сильнее, чем страх в бою. Слишком поздно Пилат превозмогает свой страх. Ему снится, что он шагает рядом с философом по лунному лучу, спорит, и они «ни в чем не сходятся друг с другом», что делает их спор особенно интересным. И когда философ говорит Пилату, что трусость — один из самых страшных пороков, прокуратор возражает ему: «это самый страшный порок». Во сне прокуратор осознает, что теперь он согласен «погубить свою карьеру» ради «ни в чем не виноватого безумного мечтателя и врача».
В финале романа Мастер отпускает своего героя бежать по лунному лучу к Иешуа, который, по словам Воланда, прочитал роман.
Каким же образом мотив трусости трансформируется в «московских» главах романа? Вряд ли можно обвинить в трусости Мастера, сжегшего свой роман, отказавшегося от всего и добровольно ушедшего в лечебницу для душевнобольных. Это трагедия усталости, нежелания жить и творить. «Мне удирать некуда», — отвечал Мастер Ивану, предположившему, что легко удрать из больницы, обладая, как Мастер, связкой всех больничных ключей. Возможно, в трусости можно обвинить московских литераторов, ведь литературная ситуация в Москве 30-х годов была такова, что писатель мог создавать только вещи, угодные государству, либо не писать вообще. Но этот мотив проскальзывает в романе только намеком, догадкой Мастера. Он признается Ивану, что по критическим статьям в его адрес было видно, что «авторы этих статей говорят не то, что они хотят сказать, и что их ярость вызывается именно этим».
Творение Мастера ассоциируется с библейским текстом, придает роману «Мастер и Маргарита» общечеловеческое значение, насыщает его культурно-историческими смыслами. Проблематика романа бесконечно расширяется, вбирая в себя весь человеческий опыт, заставляя каждого читателя задуматься о том, почему трусость оказывается «самым страшным пороком».