Strīds ar priesteriem un viņu atbalsta zaudēšana dziļi satricināja Sauļu, taču garīgi viņu nesalauza. Neraugoties uz filistiešu nomācošo pārspēku, gandrīz vai no visiem pamests, viņš tomēr palika Gilgalā ar saujiņu viņam uzticīgo drosminieku. Šādos apstākļos nevarēja būt ne runas par kauju atklātā laukā, un viņam nekas cits neatlika kā tikai atsevišķi pēkšņi uzbrukumi, tādējādi turot pretinieka regulārās vienības nemitīgā sasprindzinājumā un nogurdinot tās.
Sajā partizānu karā viņam krietns palīgs bija kareivīgais un līdz neprātam pārdrošais dēls Jonatāns. Kādu dienu Jonatāns ar savu ieroču nesēju pēkšņi iebruka filistiešu apmetnē, nokāva divdesmit ienaidnieka sardzes vīru un izraisīja tādu sajukumu, ka pārējais karaspēks izbailēs aizbēga. Saulam nekas iepriekš nebija ziņots par šo dēla izrīcību, tāpēc, izdzirdis jezgu filistiešu apmetnē,
viņš lika parbaudīt, kurš no viņa karavīriem iztrūkst, un tā'noskaidrojās, ka vaininieks ir Jonatāns.
Sauls nekavējoties devās dēlam palīgā un sāka vajāt bēgošos ienaidniekus. Tad nu viņa pusē pārnāca arī tās izraēliešu vienības, kuras ar varu bija iekļautas filistiešu karaspēkā. Kad vēl kaujā iesaistījās arī kalnu alās un aizās paslēpušies izraēlieši, filistiešu neveiksme pārvērtās baismīgā sagrāvē.
Ienaidniekus vajāja līdz pat Bet-Avenai. Izraēlieši gan jutās pārlieku noguruši, bet, tā kā līdz tumsai vēl bija itāļu, Sauls nolēma cīņu turpināt, sacīdams karavīriem:
«Nolādēts tas vīrs, kas ēdīs maizi, pirms nāks vakars un iekams es nebūšu atriebies saviem ienaidniekiem!»
Izraēla karavīri patiešām nepieskārās ne maizes kumosam, nedz citam ēdienam, jo bijājās sava ķēniņa. Vienīgi Jonatāns nekā nezināja par tēva lāstu un, mežā kāda koka dobumā atradis bišu saimi, iemērca šķēpa smaili medus šūnās un to nolaizīja. Pārējie karavīri par Saula rīkojumu viņam pateica jau pārāk vēlu. Taču jaunais Jonatāns pārlieku to neņēma pie sirds un pat nokritizēja tēvu, apgalvodams, ka filistiešiem klātos vēl plānāk, ja Izraēla karotājiem nevajadzētu cīnīties neēdušiem.
Pargurušie un izsalkušie karavīri pievakarē metās uz gūto laupījumu. Turpat kaujas laukā viņi nokāva avis, vēršus un teļus un kāri rija jēlo, asiņaino gaļu. Uzzinājis par šādu apgrēcību, Sauls bargi pavēlēja dzīvniekus nokaut uz akmeņiem, lai asinis varētu brīvi notecēt zemē.
Pienāca nakts. Ķēniņš lika uzcelt altāri un ar priestera starpniecību pavaicāja Jahvem, vai viņam nevajadzētu vajāt ienaidniekus līdz rīta gaismai, lai tos pilnīgi izdeldētu. Bet Jahve nedeva nekādu atbildi. Tad viņš noģida, ka ir pārkāpts ķēniņa dotais solījums, un tas licis dieva dusmām nākt pār visu karaspēku. Drīz vien arī noskaidrojās, ka vainīgais ir Jonatāns. Neko nelīdzēja dēla kvēlie apgalvojumi, ka viņš solījumu pārkāpis netīši. Sauls piesprieda viņam nāvi. Taču Jonatānu izglāba karaspēks, kurš negribēja pieļaut, ka tādā veidā tiktu atmaksāts Gibeas varonim un Izraēla tautas atbrīvotājam.
«Tik tiešām, ka tas kungs dzīvo, nevienam matam nebūs nokrist no viņa galvas!» sauca sašutušie ļaudis. «Taču tikai kopā ar dievu viņš visu to šodien ir paveicis!»
Saulam vajadzēja pārtraukt ienaidnieka vajāšanu, un filistieši paglābās no galīgas iznīcināšanas. Viņi patvērās aiz savu pilsētu mūriem un arī turpmāk apdraudēja Izraēla tautu.