Работа с клеточными культурами трудоемка, требует специальных условий и доступна лишь небольшому числу лабораторий, преимущественно в научно-исследовательских учреждениях.
Этот метод применяется главным образом в качестве подтверждающего метода при получении положительного результата с помощью прямой иммунофлюоресценции или молекулярно-биологического метода.
При определении излеченности хламидиоза культуральный метод незаменим, так как все остальные методы могут давать искаженные результаты. А определение лекарственной чувствительности клинических изолятов хламидий возможно только культуральным методом, пока не разработан генный метод определения детерминант резистентности к антибиотикам.
Иммуноморфологические методы по сравнению с культуральным методом более просты и доступны практически любой лаборатории. Суть этих методов состоит в выявлении антигенов хламидий непосредственно в микроскопическом препарате, приготовленном из патологического материала (соскобы слизистой оболочки пораженного органа и т. п.). Чувствительность этих методов при исследовании из цервикального канала у женщин – 65 %, из уретры у мужчин – 97—100 % при 100 % специфичности. Метод в руках опытного исследователя дает отличные результаты, но просмотр большого числа стекол в день (более 30) очень утомителен.
Для оценки иммуноморфологических методов большое значение имеет качество взятия материала. Шейку матки необходимо тщательно протереть ватным тампоном, при этом удалить слизистую пробку из экзоцервикса. Материал наносится на предметное стекло вращательным движением. В этом материале должны присутствовать клетки цилиндрического эпителия и отсутствовать эритроциты и лейкоциты. Если при просмотре с помощью люминесцентного микроскопа на оранжево-коричневом фоне клеток в поле зрения обнаруживается не менее пяти элементарных телец, результат считается положительным.
Методы иммуноферментного анализа (ИФА) основаны на определении растворимого антигена хламидий. Хламидии имеют сложную антигенную структуру. Они выделяют три основных антигенных комплекса: видоспецифический, родоспецифический и серовароспецифический. Постановка реакции требует точного выполнения инструкции, которая прилагается производителем к каждой тест-системе. Несоблюдение инструкции может привести к искаженному результату ИФА. Сыворотку (плазму), доставленную в лабораторию для исследования, можно хранить 18–36 ч при 4 °C. При хламидийной инфекции очень важно выявлять видоспецифические иммуноглобулины класса G (IgG), М (IgМ) и класса А (IgА) к антигенам Chlamydia trachomatis в сыворотке (плазме) крови человека. В настоящее время иммуноферментные методы с дифференциацией иммуноглобулинов данных классов к антигенам хламидий являются наиболее распространенными. При определении остроты инфекционного процесса учитывают динамику образования в инфицированном организме иммуноглобулинов М, А и G. Важно помнить, что IgА в крови (плазме) появляется через 1–2 недели после начала заболевания, чуть опережая по времени IgG. Результат реакции учитывают после выполнения всех манипуляций по интенсивности окраски реагирующей среды, которая пропорциональна количеству антигена Chlamydia trachomatis, сорбированного на дне панели. Для определения точной интенсивности окраски пробы фотометрируют при длине волны 492 нм.